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miRNA靶基因预测是研究miRNA经常要进行的操作,经典的miRNA靶基因预测软件有miRanda,targetscan等。targetscan有在线版本,而miRanda一直没有在线版本,并且网站(http://www.microRNA.org)还经常挂,为此,我们微生信平台推出了在线版的miRanda。 地址:http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120
使用步骤: 1,打开miRanda在线版链接 http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120
中间为输入框,右侧为简介
2,找到感兴趣的miRNA,并粘贴fasta格式的miRNA序列 将fasta格式的miRNA序列粘贴到miRNA输入框。 可以是一条序列或者多条序列。必需是fasta格式,即:每条记录由3部分组成:大于号(>),名字,序列。 如何获得miRNA序列? 一般我们从文章中获得的都是miRNA的名字(成熟体),我们需要登录到miRbase数据库网站(http://www.mirbase.org)进行查询,然后获得其序列(注意:例子中T换成了U)
3,找到待检索的mRNA,获得其 3'UTR序列,并粘贴fasta格式序列 通常,我们可以从UCSC网站获得3'UTR序列。 获得步骤可以参考:https://www.researchgate.net/post/How-can-find-out-the-UTR-of-the-gene (下次再讲) 当然,这里也可以是lncRNA序列或者circRNA序列等任何序列。
4,选择参数并提交 miRanda使用两步法进行预测,第一步进行动态规划比对,第二步进行热力学稳定性评估。这里设置了score和energy两个参数,分别是第一步和第二步的参数。
5,下载并查看结果
数据少的话,提交后几秒钟即可出结果,结果包括4个文件: miRNA.fa为输入的miRNA序列 utr.fa为输入的mRNA序列 out.txt为miranda输出结果,包含比对 xls为整理的miRNA-mRNA对结果,注意:这里默认全部输出,最后一列为结合的位点,一个UTR上可能有多个结合位点,Tol score和Tol energy为多个位点的和结果
miranda是为数不多直接输入序列进行预测的软件,因此被广泛使用,微生信以miRanda v3.3a版为后端,搭建了简单的在线miRNA预测页面,不用再东奔西走找软件了。 应用包括:piRNA靶基因,miRNA靶基因,circRNA-miRNA吸附预测,ceRNA等 注意:miRNA靶基因预测最好使用多个软件的交集作为最终结果。 |
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