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塑料改性与加工国家工程实验室实行理事会领导下的实验室主任负责制。实验室具有相对独立的人事权，坚持"创新、合作、服务、开放"的方针，实行理事会、实验室主任、学术带头人和课题组长三级管理。

理事会是国家工程实验室的最高决策机构。理事会由来自相关主管部门、研究院所和高等院校以及依托单位等单位或部门的管理和技术专家组成。理事会主要负责聘任实验室主任，确定实验室发展方向和研究领域、审议和批准财务决算等重大事宜的决策、确定实验室下属研究机构的设置与调整、确定实验室下属研究机构的主要负责人和首席专家、确定实验室重大学科建设与科学研究立项、评定实验室主要科研研究成果、评议与论证实验室分阶段进展及验收、对实验室主任及实验室工作进行评估并向上级部门提出建设。技术委员会由国内外知名专家组成，是国家工程实验室的技术咨询机构。技术委员会专家主要有师昌绪、曹湘洪、汪旭光、汪燮卿、瞿金平、曾汉民、乔金梁、吴忠文、袁志敏、李建军、黄险波、蔡彤旻等。实验室主任负责主持实验室的日常工作，并对实验室建设、运行、资金管理等负责。