KEGG代谢通路怎么看

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species-specificpathway

物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如人的糖酵解通路图，hsa00010。如图：

http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?hsa00010

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以ko/ec/rn开头的Reference pathway

例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：

1，http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?ko00010

2，http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?ec00010

3，http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?rn00010

其中，ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。

可以看到公司用的是第一种referencepathway，也就是通用的，包含ko，ec，rn的所有信息，并在此基础上添加个性化绘图（加绿色方框表下调，红色上调这样的个性化）。

为了方便老师查找，编号都是ko+number，而不是m+number，但通路图的内容和形式其实是第一类的，因为公司给的结果中，节点包含各种信息。

到此我们了解了KEGG代谢通路的背景知识。接下来我们又该如何根据公司的项目结果，去解读KEGG代谢通路呢？

首先，一般的KEGG代谢图是长这个样子的。

相信这个，大家已经很了解，只需要知道如下内容，再加上老师的背景知识和文献阅读，基本已经可以处理大部分售后问题。

KEGG代谢通路图中的名称意义：

1. K + num：基因在KEGG数据库中的编号，注意这里的基因是一个范畴，不是特指某个物种某个ID的基因，而是一类具有同源相似序列和功能的基因。

2. ko + num:代谢通路的名称，表示一个特定的生物学途径。

3. M +num:模块名称

4. C + num:化合物名称

5. E-.-.-.-:酶名，这个可能是国际酶学委员会统一规定的编号

6. R + num：反应名称

7.RC + num：反应类型

8.RP + num:反应物质对

KEGG代谢通路图形元素意义：

资料来源：

KEGG通路图应该怎么看

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=107&fromuid=8287

不一样的寻宝游戏——KEGG map

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=1908&fromuid=8287

研究植物必须了解抗病机理小知识

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=269&fromuid=8287

原创：解读植物病原互作pathway

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=1890&fromuid=8287

亮瞎！KEGG电路图这么画！

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=277&fromuid=8287

当我们了解以上内容，就可以应对大部分情况了。嗯，当我学到这些后，信心满满地去工作了，突然有个老师给我发了一份邮件，虽然大部分问题都是常规问题，但里面其中的一个问题让我一脸懵逼。

可以看到图中：里面并没有出现方框，也就是说方框所代表的基因哪里去了？标绿的箭头是什么意思？

KEGG代谢通路有三大类，分别为通用，物种特有，以及单类型通路（先姑且怎么称呼吧）。但是在这三大类的分类的基础上，KEGG代谢通路还可以分为常规图，概览图，全球图。

其中概览图和全球图是KEGG PATHWAY数据库中一组特殊的代谢途径图，呈现全球和整体新陈代谢的图片。它们用线（或箭头）代表KOs，酶，反应和个体基因的主要对象，而不是常规代谢途径图中的框。

至少目前我看到的概览图和全球图都是基础代谢合成通路上的途径，例如氨基酸合成，脂类合成和碳代谢等。

概览图：ko01230 Biosynthesis of amino acids（部分）

全球图：ko01100 Metabolic pathways

此外一些代谢通路是有图例的，这其实也算常规的代谢通路图，这是用图例去展现途径。经常是一些研究很多的重要通路，如光合作用通路。

其实以上代谢通路虽然相对特殊，但是解读的方式还是和常规的一致，具体可以看第二部分内容，他们其中一些细节上的差异，官方如下解释

其实简单来讲就是用线条和箭头代替方框来展示KO,酶和反应，基因。

某些代谢通路图中会出现红色的字体如图：

这类的功能注释都是和疾病相关。也就是说和疾病相关的ko会被标注成红色字体。KEGG代谢通路是我们组学研究的主要目标，在日常工作中，还会遇到各式各样的问题。欢迎大家进行补充和修正。返回搜狐，查看更多