Amber 硬件和软件配置

在运行 AMBER 的 GPU 加速版本之前，请为您的 GPU 安装最新的 NVIDIA 显示驱动程序。

运行 AMBER 需要使用“pmemd.cuda”可执行程序。多 GPU 运行需要使用“pmemd.cuda.MPI”可执行程序（请参阅下载和安装说明以获取支持 MPI 的编译相关的信息）。对于多 GPU 运行，GPU 应位于同一物理节点，且所使用的 GPU 需要支持点对点通信才能获得最佳性能。

您还应该下载 AMBER16 基准测试套件，可从基准测试页面免费获取。这里我们假设您已下载基准测试并将其解压缩到名为 $BENCHMARKS 的目录。