Vasp学习经验 #2（结构优化、频率计算）

20230728

在完成vasp计算所需的四个基本文件（POSCAR/KPOINTS/POTCAR/INCAR/）后，在超算平台上提交作业。

以北京超算云计算中心平台为例，将基本文件放在同一个文件夹里，运行超算平台管理员提供的提交脚本即可提交计算。北京超算云计算中心的提交脚本内容如下：

#!/bin/bash #SBATCH -p amd_256 #SBATCH -N 2 #SBATCH -n 128 source /public1/soft/modules/module.sh module load mpi/intel/17.0.7-thc export PATH=/public1/home/scb6401/software-scb6401/amd-6.3.2:$PATH srun vasp_std

其中，-N 后的数字为使用的节点个数，-n后的为使用的总核数，可以根据实际计算情况在计算前进行修改，北京超算云中心一个节点共有64个核，本脚本使用了两个节点共128个核。使用sbatch xjx.sh即可提交当前目录下的作业。

计算开始后可以用squeue查看当前队列，计算开始后，目录内会出现多个文件，其中 slurm开头的是计算所有的输出结果汇总文件，计算中可以使用tail -f 文件名进行实时结果的查看。使用scancel 任务号可以停止任务的计算。OSZICAR中的数据为计算中出现的所有关于能量的数据。包括计算中所有电子步和离子步的信息。

若计算成功完成，达到INCAR中的收敛条件，且结构不崩溃，则可将CONCAR文件导出用vesta打开即为计算后的结构文件。

优化的INCAR设置：

ISTART=0 ICHARG=2 PREC=M ISPIN=1

LREAL=A ALGO=N NELM=200 EDIFF=1E-4 ENCUT=420 NCORE=16

IVDW=11 IBRION=3 NSW=200 POTIM=0.1 ISIF=2 ISYM=0 EDIFFG=-0.08

ISMEAR=0 SIGMA=0.1

采用分步进行优化，INCAR中ISIF=3，ISYM=0，计算应力张量，取消对称性，进行充分弛豫，不仅弛豫离子位置，同时弛豫晶胞的体积和形状。

将CONCAR中非对角元的非零元素改成0确保c轴垂直于a,b轴，再ISIF=2，仅弛豫离子的位置，保持对称性。

采用一步弛豫：ISIF=3，ISYM=2，（减小POTIM的步长）对称约束下的弛豫。

VESTA中构成缺陷：删除原子，先将体系的对称性降到P1（EDIT中REMOVE SYMEETRY），再在structure中根据原子的序号进行删除，不能直接在界面上直接delete删除（没有实际删除，只是没有显示）。

20230807 结构优化后，计算原子振动频率来验证结构稳定性。

将CONCAR改成POSCAR

在INCAR里修改标签：

修改标签IBRION=5

修改标签NSW=1

（↑此两个用于做振动频率计算）

增加标签NFREE=2

增加标签POTIM=0.015

提交任务进行计算。

计算完成后   gerp "THz" OUTCAR搜索振动频率

20230808

序号                 频率                             2派×频率                   换算成波数                  能量

前21个大于0，后三个应该等于0，但由于DFT的误差，f/i小于0.3THz（或10波数以下）即可接受。

 频率信息在OUTCAR文件最后。gerp "THz" OUTCAR