用R绘制聚类热图（含代码和注释） – sci666

大家好，有朋友在后台问如何用R绘制聚类热图，其实绘制聚类图的方法有很多，比如MeV软件等等，我们今天看如何用R来绘制聚类图。

首先我们看原始数据，原始数据有两组，每组4个样品，共八个样品，每个样品有35个microRNA，目的是对35个microRNA和8个样品进行聚类。

将目标文件所在目录通过setwd命令设置为当前工作目录，并用getwd()查看目录是否设置成功；设置成功后，利用read.table命令读入目标文件（heatmap_example.txt，注意将文件保存为tab分隔的纯文件文件txt），将第一行的样本名设置为列名（header=T），将第一列设置为行名（row.names=1），通过head(data)查看文件前6行。

###安装软件包

install.packages(“pheatmap”)

install.packages(“vegan”)

###加载所需软件包

 library(pheatmap)

 library(gplots)

 library(vegan)

 library(permute)

 library(lattice)

###input target file

 data