使用evolview美化进化树 您所在的位置:网站首页 进化树美化网站下载 使用evolview美化进化树

使用evolview美化进化树

2024-07-09 11:46| 来源: 网络整理| 查看: 265

1.evolview地址及使用

进化树美化,evolview官方地址:https://evolgenius.info//evolview-v2/#login 要求使用以下浏览器打开,不支持IE浏览器和360浏览器:

attachments-2019-01-k0TEXldX5c343af1314b5.jpg官方说明文档地址:https://github.com/evolgeniusteam/EvolviewDocumentation

2 进化树美化

Evolview进化树美化的初级使用可参考:https://www.omicsclass.com/article/590,示例进化树:WRKY_domain_confirmed.nwk

2.1 进化树分支添加颜色

可点击以下方箭头处添加分支颜色,可点击下图红框框处查看官方详细配置说明:

attachments-2019-01-VYS3Wbbh5c343c49a0a4a.jpg

然后在配置文件里面输入,需要添加颜色的分组信息,如下:

AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue adAT4G01250.1,AT4G31550.1 red adAT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad

第一列为,从一个基因到另一个基因之间,表示范围;第二列,为设置颜色,最后一列 ad表示为所有枝设置颜色;列和列之间注意用tab分隔开;

attachments-2019-01-PQpHlxpq5c3456429f33f.jpg

然后提交,就可以得到进化树分支颜色设置后的进化树:

attachments-2019-01-UMaZasY65c3456bc05c7c.jpg

2.2 进化树设置分支label的颜色等

设置标签颜色,详细方法参考:https://www.omicsclass.com/article/631,可点击下图红框框出查看官方详细配置说明:

attachments-2019-01-yzJ8XCW55c3459951d3f5.jpg

这是设置的配置文件内容如下 ,与分支颜色设置相似,也支持单独基因设置颜色(最后一行);点击红色箭头处,然后将以下内容粘贴上去:官方配置说明

AT4G31550.1,AT4G01250.1 red adAT2G30250.1,AT2G04880.1 blue adAT1G80840.1 yellow

提交之后的结果:

attachments-2019-01-ij9iZYlS5c345ca730f45.jpg

2.3 进化树设置分支label的背景颜色设置

设置背景颜色可看:https://www.omicsclass.com/article/630

attachments-2019-01-bQGnmGR35c345d54eb176.jpg

可点击上图图红框框处查看官方详细配置说明;配置文件如下:官方说明

AT4G01720.1,AT1G55600.1 red adAT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad

设置之后结果:

attachments-2019-01-CYS2JgCF5c345daeb4550.jpg

2.4 进化树添加星号标签

设置星号标签可看:https://www.omicsclass.com/article/664

attachments-2019-01-RqPwdZ5W5c345e2d670a3.jpg

设置参数如下,第一列为基因的ID,后面为设置形状以及颜色,上图图红框框处查看官方详细配置说明。详细说明见官方文档。

AT4G01250.1 triangle,red:redAT3G58710.1 triangle,red:redAT1G29280.1 triangle,red:redAT2G34830.1 triangle,red:redAT1G30650.1 triangle,red:redAT5G52830.1 triangle,red:redAT4G23550.1 triangle,red:redAT2G21900.1 triangle,red:redAT5G45050.1 triangle,red:redAT2G30590.1 triangle,red:redAT2G24570.1 triangle,red:redAT3G04670.1 triangle,red:redAT2G23320.1 triangle,red:redAT5G28650.1 triangle,red:redAT4G24240.1 triangle,red:redAT4G31550.1 triangle,red:redAT2G04880.1 star,blue:blueAT5G56270.1 star,blue:blueAT4G26440.1 star,blue:blueAT3G01080.1 star,blue:blueAT4G12020.1 star,blue:blueAT2G03340.1 star,blue:blueAT4G26640.1 star,blue:blueAT1G13960.1 star,blue:blueAT2G37260.1 star,blue:blueAT2G38470.1 star,blue:blueAT5G07100.1 star,blue:blueAT2G30250.1 star,blue:blue

结果如下:

attachments-2019-01-fz7e8OMS5c345e92735ec.jpg

2.5 进化树分组圆环

添加分组圆环,设置按钮如下:

attachments-2019-01-Ujnwup9l5c345ef42b870.jpg

设置文件说明,官方详细说明:DatasetGroupLabel.md:

!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashedAT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16

说明如下,带!号的行为全局变量,也就是默认设置参数;其他第一列用,号隔开表示范围,空格之后为各种group分组圆环的显示方式:text为分组名称,fontcolor为字体颜色,linewidth圆环粗细,textorientation控制分组名称对齐样式。

attachments-2019-01-qiFbkzus5c34619964966.jpg

2.6 进化树批量修改基因名字

有时候我们想批量重命名基因的名字,可参考iTOL使用:https://www.omicsclass.com/article/604,然后导出nwk格式的文件再到evolview中编辑。

2.7 进化树bootstrap值修改参考

可参考:https://www.omicsclass.com/article/625

最后来一个组合图,看看设置的效果,当然我只是教大家如何使用,美观度上还是不足,见谅:

attachments-2019-01-o0pffx985c346358144bb.jpg

相关课程:基因家族分析实操课程   和 linux系统使用

更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精通

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他,二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读、



【本文地址】

公司简介

联系我们

今日新闻

    推荐新闻

    专题文章
      CopyRight 2018-2019 实验室设备网 版权所有