miRNA的研究套路

2024-01-13 10:29| 来源: 网络整理| 查看: 265

miRNA：微RNA是真核生物中广泛存在的一种长约21到23个核苷酸的高度保守的非编码RNA分子，可调节其他基因的表达。成熟miRNA还需要与Argonaute蛋白等组装形成RNA诱导沉默复合体（RISC），RISC作用于特异mRNA的3’UTR，从而抑制翻译过程或者直接降解mRNA。

miRNA研究的优势在哪里？（酸菜老师） miRNA是非编码RNA，没有蛋白，所以不管是做表达差异还是验证基因过表达还是沉默的效率，都只需要qPCR验证，不需要买抗体做Western，简化了一半工作量。 miRNA 是短片段，直接合成就行，转染效率还高，不需要用病毒载体，在细胞水平实现“一正一反”的操作，流程上超简单。表型做完了探索分子机制，miRNA有一套固定的机制模式，miRNA 一般作用于靶基因的 3’-UTR（untranslational region）引起下游靶基因表达沉默。已知miRNA如何寻找其靶基因？

有现成的数据库，只需要在几个数据库中输入miRNA名称，获得的靶基因预测结果取交集,Luciferase Assay验证成功其中一个靶基因,就大功告成了。

1.TargetScan（最权威）

网址：新版 http://www.targetscan.org/vert_72/ 输入microRNA名则能查出某个microRNA可能作用的多种靶基因。

2.miRcode

网址： http://www.mircode.org/index.php miRcode与TargetScan相比，主要增加了ncRNA和非3’UTR区的检索。

3.## miRDB

网址： http://www.mirdb.org/cgi-bin/search.cgi miRDB比TargetScan功能更多，除了检索3’UTR区外，还能搜索编码区和5’UTR区，以及对给定序列进行匹配。

4.## RNA22

网址：https://cm.jefferson.edu/data-t

基于实验数据的miRNA-靶基因库 starBase 网址：http://starbase.sysu.edu.cn/ miRTarBase 网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php TarBase 网址：http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex/ 研究流程 miRNA.png

1.表达差异 miRNA检测的金标准：qPCR

2.正反验证过表达：公司直接采购miRNA的成熟体（miRNA模拟物）沉默：siRNA（miRNA抑制物）

miRNA的上调和下调.png

3.细胞表型：与功能基因同 4.动物表型：与功能基因同 5.rescue验证

机制研究：

间接作用机制：主变量通过影响下游另外一个因变量而对疾病和表型产生影响直接作用机制：在以上基础还发现直接作用的靶点是什么（即找到靶基因， ①数据库：只需要验证一个，所以需多个数据库取交集 ②实验验证：通过过表达miRNA，而后qPCR 和Western blot检测表达下调的预测靶点，然后用荧光素酶报告基因实验来进行验证。

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