1.Seurat包的安装及数据的准备1.1 加载需要的包和数据代码语言:javascript复制if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Seurat")
library(Seurat)
# devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
library(SeuratData)
library(ggplot2)
library(patchwork)
library(dplyr)
##如果有未安装的包,运行如下命令安装:install.packages("包的名字")1.2 创建Seurat对象 对于之前从CellRanger得到的比对结果,读取sample/outs/filtered_feature_bc_matrix文件夹下的三个文件:barcodes.tsv(1列,为barcode名);genes.tsv(2列,第1列为ENS编号,第2列为基因名);matrix.mtx(3列,第1列为基因编号,第2列为细胞编号,第3列为对应的reads数) 代码语言:javascript复制pbmc.data |