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单细胞转录组之Seurat包全流程

2024-05-05 22:20| 来源: 网络整理| 查看: 265

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1 加载需要的包和数据代码语言:javascript复制if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))   install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Seurat") library(Seurat) # devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData) library(ggplot2) library(patchwork) library(dplyr) ##如果有未安装的包,运行如下命令安装:install.packages("包的名字")1.2 创建Seurat对象

对于之前从CellRanger得到的比对结果,读取sample/outs/filtered_feature_bc_matrix文件夹下的三个文件:barcodes.tsv(1列,为barcode名);genes.tsv(2列,第1列为ENS编号,第2列为基因名);matrix.mtx(3列,第1列为基因编号,第2列为细胞编号,第3列为对应的reads数)

代码语言:javascript复制pbmc.data 


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