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lammps输出轨迹转标准格式xyz
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事情是这样的，跑了几个小时lammps的到结果后想用脚本对dump的xyz轨迹进行分析，结果发现居然不支持。原来lammps的轨迹太过自由了，并不是标准的xyz文件。很多软件和脚本都只支持标准的xyz文件（如MS，VMD，MDAnalysis）等。 标准xyz文件格式如下： 12 benzene example C 0.00000 1.40272 0.00000 H 0.00000 2.49029 0.00000 C -1.21479 0.70136 0.00000 H -2.15666 1.24515 0.00000 C -1.21479 -0.70136 0.00000 H -2.15666 -1.24515 0.00000 C 0.00000 -1.40272 0.00000 H 0.00000 -2.49029 0.00000 C 1.21479 -0.70136 0.00000 H 2.15666 -1.24515 0.00000 C 1.21479 0.70136 0.00000 H 2.15666 1.24515 0.00000第一列为元素符号，后面三列为xyz坐标。第一行为原子数，第二行随意。 在跑lammps之前，可以按下面连接的方法设置dump格式为标准的xyz：https://www.cnblogs.com/sysu/p/17006091.html 我在这次跑仿真前忘记设置输出格式了，使用的以下命令进行dump： dump 1 all custom 1000 shear.xyz type x y z ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 3128 ITEM: BOX BOUNDS xy xz yz pp pp pp -3.7243842623499729e-01 3.2234124596235063e+01 0.0000000000000000e+00 4.1885043476486233e-01 3.3025413457234471e+01 0.0000000000000000e+00 8.5273312137650272e+00 4.1133894236234468e+01 0.0000000000000000e+00 ITEM: ATOMS type x y z 2 6.27403 7.45496 12.7015 9 2.02983 8.40239 14.0077 9 3.38754 3.88625 10.3987 3 2.91287 4.68163 14.4446 9 5.12803 5.28437 11.3195 9 3.91993 6.71038 8.8808 ...... ITEM: TIMESTEP 1000 ITEM: NUMBER OF ATOMS 3128 ITEM: BOX BOUNDS xy xz yz pp pp pp -3.3698973156626344e-01 3.2329102153652570e+01 0.0000000000000000e+00 4.6178284437435391e-01 3.2982481047625178e+01 1.3042625208987602e-01 8.6006685257616358e+00 4.1060556924237886e+01 0.0000000000000000e+00 ITEM: ATOMS type x y z 2 6.29072 7.49291 12.7049 9 2.18091 8.43777 14.0266 9 3.35011 3.92172 10.4029需要处理的是将第一列的序号换成元素符号，在原子坐标之前的许多多余行进行替换。 不想花钱按之前连接写的方法重跑仿真，于是写了个简单的python进行修改： import re # 字母和数字的对应关系 atom_dict = { '1': 'O', '2': 'C', '3': 'N', '4': 'C', '5': 'C', '6': 'O', '7': 'C', '8': 'O', '9': 'H', '10': 'O', '11': 'C', '12': 'H', '13': 'C', '14': 'H' } # 读取数据文件 with open('shear.xyz', 'r') as f: data = f.readlines() # 处理数据 for i in range(len(data)): if re.match(r'^ITEM: BOX BOUNDS xy xz yz pp pp pp', data[i]): # 替换第一列数字为字母 for j in range(i+1, len(data)): if re.match(r'^ITEM: TIMESTEP', data[j]): break else: line = data[j].strip().split() if len(line) == 4: line[0] = atom_dict[line[0]] data[j] = ' '.join(line) + '\n' i = 0 output = [] while i < len(data): if data[i].startswith("ITEM: TIMESTEP"): output.extend(["3128\n", f"Atoms. Timestep: {i//9}\n"]) i += 9 else: output.append(data[i]) i += 1 # 将处理后的数据写入新文件 with open('new.xyz', 'w') as f: f.writelines(output)最终处理后的data文件格式如下：
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