R语言实现质谱峰的可视化

2023-12-28 01:54| 来源: 网络整理| 查看: 265

今天给大家介绍一下如何把我们在质谱中的原始数据进行质谱峰的可视化展示，质谱峰代表了在某一个质荷比值的峰强度。那么如何在R语言中重建这些峰呢。我们今天就来给大家介绍下基于MALDIquant包和MALDIquantForeign包的实现过程。这两个包关系是MALDIquantForeign包主要为MALDIquant包提供数据的导入以及导出，从而实现原始数据的分析质控。那么我们还是老套路：安装，函数介绍，实例。

首先我们看下包的安装，无需多言CRAN资源直接：

install.packages("MALDIquant") install.packages("MALDIquantForeign") library("MALDIquant") library("MALDIquantForeign")

接下来我们介绍下数据的导入导出：

1. import()主要数据的导入基于MALDIquantForeign包。

主要的参数：

Type主要是所能识别的文件类型，其实也可以不用设置。

txt importTxt tab importTab csv importCsv fid importBrukerFlex ciphergen importCiphergenXml mzXML importMzXml mzML importMzMl imzML importImzMl analyze importAnalyze cdf importCdf msd importMsd

removeEmptySpectra 是否移除空的数据，默认是TRUE。

Centroided此参数需要设为FALSE，因为后面不识别此质心算法出来后的数据。

实例:

exampleDirectory

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