gromacs命令

2024-07-12 10:34| 来源: 网络整理| 查看: 265

gmx rdf [-f []] [-s []] [-n []] [-o []] [-cn []] [-hq []] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-bin ] [-[no]com] [-surf ] [-rdf ] [-[no]pbc] [-[no]norm] [-[no]xy] [-cut ] [-ng ] [-fade ]

流体的结构可以通过中子散射或者X射线散射进行研究. 描述流体结构的最常用方法是径向分布函数. 但是, 通过散射实验获得径向分布函数并不容易.

gmx rdf可利用几种不同的方法来计算径向分布函数. 通常的方法是计算一个(组)粒子周围的径向分布函数, 其他方法包括计算一组粒子质心周围的径向分布函数(-com), 或到最近一组粒子的径向分布函数(-surf). 所有这些方法都可以利用-xy选项计算围绕与z轴平行的轴的RDF. 使用选项-surf时, 不能使用归一化.

选项-rdf用来设置要计算RDF的类型. 默认为原子或粒子, 但也可以选择分子或残基的质心或几何中心. 无论哪种情况, 都只会考虑索引组中的原子. 对于分子和/或质心选项, 需要输入文件. 除COM(质心)或COG(几何中心)外, 其他的加权方法目前只能通过提供具有不同质量的输入文件来实现. 参数-com与-surf也可以与-rdf选项一同使用.

如果已经提供了一个输入文件(-s), 并且-rdf设置为atom, 那么在计算RDF的时候, 会考虑到输入文件中定义的排除. 选项-cut是另外一种可以避免RDF图中出现分子内峰的方法, 但最好还是将输入文件中的排除数设置得高一些. 比如, 对于苯的拓扑, 将nrexcl设置为5就可以全部消除分子内距离对RDF的贡献. 注意, 在计算时会使用已选组中的所有原子, 还包括那些没有Lennard-Jones相互作用的原子.

选项-cn生成RDF累积数, 也就是在r距离范围内的平均粒子数.

输入/输出文件选项选项默认值类型说明-f []traj.xtc输入轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng-s []topol.tpr输入, 可选结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent-n []index.ndx输入, 可选索引文件-o []rdf.xvg输出xvgr/xmgr文件-cn []rdf_cn.xvg输出, 可选xvgr/xmgr文件-hq []hq.xvg输出, 可选xvgr/xmgr文件控制选项选项默认值说明-nice19设置优先级-b0从轨迹文件中读取的第一帧(ps)-e0从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)-dt0只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔-[no]wno查看输出.xvg, .xpm, .eps and .pdb文件-xvg xmgracexvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none-bin0.002分格宽度(nm)-[no]comno相对于第一个组质心的RDF-surfno相对于第一组表面的RDF: no, mol, res-rdfatomRDF类型: atom, mol_com, mol_cog, res_com, res_cog-[no]pbcyes计算距离时考虑周期性边界条件(PBC).如果不使用PBC, 距离的最大值为盒子最长边的三倍.-[no]normyes对体积和密度进行归一化-[no]xyno只使用距离的x和y分量-cut0计算时所考虑的最短距离(nm)-ng1计算中心组的RDF时, 其周围的次要组的数目-fade0从此距离开始, 将使用g'(r) = 1 + [g(r)-1] exp(-(r/fade-1)^2) 对RDF进行变换,以使RDF曲线光滑地趋向于1, 如果fade设置为0.0, 将不做任何处理.

文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin

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