| 用plantlist程序包统计科、属、种数目与生成植物名录 | 您所在的位置：网站首页 › 裸子植物科属表格 › 用plantlist程序包统计科、属、种数目与生成植物名录 |
|
1 背景 考察报告中，植物名录是很重要的，而编写植物名录，统计植物的科、属、种等虽然并不复杂，但是非常繁琐，有时野外考察可能只用一两天，而编辑和校对植物名录可能需要数天时间。 plantlist程序包的count_taxa()函数可十分方便地统计科、属、种的数目，而make_checklist()函数可按照一定要求生成markdown格式的植物名录，该文件可用Rstudio或者pandoc等软件转换为html、docx、 pdf、 tex等多种格式。 本文简要介绍这两个函数的用法。 1.1 问题一. 现有若干植物中文名，请统计这些植物出现在多少个科？多少个属？每个科、属下各有多少个种？解析：给定植物中文名，为了查明科、属、种的数目，可以按照以下思路解决： 去掉重复的中文名 去掉《中国植物志》等数据库中不能匹配的中文名 查询每个种在《中国植物志》接受的拉丁学名以及科、属 科名现在一般只按照APG系统的科名(APG III或者APG IV) 提取拉丁学名中的属名 分别对科、属、种的出现情况进行汇总 1.2 问题二. 现有若干植物中文名，请按照系统发育顺序生成植物名录，要求科按照系统发育顺序排列，属和种分别按照字母顺序排列解析： 植物名录是对某地所出现所有植物的编目，常包括几百种甚至上千种。正式出版的植物名录，一般按照类群的系统发育顺序排列，从大类群上来看，按照：苔藓植物、蕨类植物、裸子植物、被子植物的顺序排列。其中，蕨类植物、裸子植物、被子植物都已经有基于分子系统学证据排列的科顺序号。科以下等级，如果是地区等级的名录，常按照属名的字母顺序排列。如果是类群专著，一般是按照类群内系统发育顺序，该顺序多是植物分类学家按照自己的观点排列的，由于多反映个人观点，有时候争议较大，这里不针对某一具体类群（例如菊科）的族、属、系、组、种的排列顺序深入讨论。为了便于查询，同时方便用计算机自动生成名录，这里，属和种按照字母顺序排列。 具体来讲，可按照如下思路生成名录： 用`plantlist::CTPL()`函数查询植物的科、属、种、分布、濒危等级等信息 标本引证信息可通过`merge`函数添加到`CTPL`的查询结果上（本文示例未提供标本引证） 提取名录中出现的科、属、种，并按照系统发育顺序排列（具体参见`CTPL`查询所得的科名顺序号） 遇到类群如苔藓植物、蕨类植物、裸子植物，需要标注在markdown文档中 每个类群下，按照科名循环；每个科下，按照属名循环；每个属下，按照种名循环。这样可以确保种中文名、学名以及物种对应的信息（生境、IUCN等级、分布等）以正确的顺序出现。 在植物名录不需要显示太多内容时，要减少相应信息的显示，为此可设定不同主题（theme），控制显示内容。 2 代码2.1 安装plantlist程序包本文介绍的两个函数是plantlist程序包在0.6.0以后增加的，因此使用旧版本plantlist的用户也需要更新。 注意plantlist的最新版本只保存在github (https://github.com/helixcn/plantlist), 请用以下命令安装。 12## 安装plantlist## 版本 > 0.6.1## devtools::install_github("helixcn/plantlist") 2.2 加载程序包123setwd("/Users/jinlong/compile_checklist/") library(plantlist)library(rmarkdown)rm(list = ls()) 2.3 用count_taxa()统计科属数目123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899100101102103104105106107# 植物名species_names |
| CopyRight 2018-2019 实验室设备网 版权所有 |