makeblastdb及blastn的使用 | 您所在的位置:网站首页 › 自定义搜索结果是什么意思啊 › makeblastdb及blastn的使用 |
文章目录
简介使用makeblastdb创建自定义搜索库blastn极短序列比对
简介
blast是常用的比对软件,在linux系统下安装完成blast套件后,可以使用blastn进行核酸序列的比对,基本的使用模式为确定搜索的库,然后使用blastn对指定的序列在库中进行比对,如果想要自定义搜索库,需要使用makeblastdb来创建,更多的细节可以参考blast 官方文档接下来我将介绍如何创建自定义搜索库并进行搜索的步骤。 使用makeblastdb创建自定义搜索库创建自定义搜索库需要事先准备号一个fasta文件,fasta文件中存在用于创建搜索库的所需序列,形式如下图所示: 参数说明: -dbtype 是必选参数,nucl, prot,二选一,核酸序列或者氨基酸序列库 -in 用于构建搜索库的fasta文件 -input_type 默认为fasta文件,其他支持文件asn1_bin,asn1_txt, blastdb -parse_seqids 添加该参数,结果文件将多三个文件,不加默认为3个结果文件 -out输出文件的前缀 执行上述代码后将生成后缀为nin,nhr,nsq,nsi,nsd,nog六个文件,至此,自定义搜索库文件生成完成 blastn在生成自定义搜索库文件之后就可以使用该库文件进行搜索了,搜索代码如下: blastn \ -query test.fasta \ -db test.blastdb \ -out blastn_results.xls \ -task blastn参数说明 -query 指定输入文件 -db 指定搜索数据库,这里只需要输入前缀就可以了 -out输出文件名称 -task 搜索算法,默认为blastn,不需要添加,其他可选参数为blastn,blastn-short,dc-megablast,megablast,rmblastn 执行完成后得到如下形式的输出结果 对于特别短的序列例如20bp左右的序列,在查找的时候我们需要添加三个参数,如下代表所示: -task blastn-short -word_size 4 \ -evalue 1 \-task参数指定为短序列的匹配算法 -word_size该参数只能指定4以上的值,这里写了最小的4,指定用于匹配算法的最短序列 -evalue 该值越小,得到的结果将更加严苛,这里设定为1即可。 |
CopyRight 2018-2019 实验室设备网 版权所有 |