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PyMOL作图:设置标签(Label)
PyMOL标签(Label)的默认字体、大小和位置等参数通常需要进行调整以满足出版图片的高质量要求。因此,我们需要深入了解标签的详细信息,以设置适当的标签参数。在PyMOL中,使用Label和set命令可以轻松修改标签的各种属性,包括标签大小(label size)、标签颜色(label color)、标签位置(label positioning)、标签字体(label font)等等。在下面的示例中,我们将以1a0q结构的可视化展示为例,逐一尝试不同的标签设置。 1. 标签大小(label size)默认的标签大小为14可能不够清晰,可以尝试调整标签大小以适应图片的要求。以下我们的目标是给1a0q结构中的锌离子加上“Zn”的标签,具体在PyMOL的命令行中操作如下: #下载1a0q fetch 1a0q #修改背景色为白色 bg_color white #移除所有水分子 remove resn HOH #给锌离子加上标签标注 label resn ZN, "Zn" #设置标签大小,增加至30 set label_size, 30最终效果如下⬇: 标签可能需要根据需要移动到更合适的位置,设置标签相对于原始 X、Y、Z 坐标的任何偏移。使用鼠标在Mouse下选择进入3 Botton editing模式,并按ctrl用鼠标左键点击来拖动标签至合适的位置;ctrl-shift-left_click 可以在 z 方向移动标签。 最终我们可以将锌离子的标签移至合适的位置,效果如下图所示。 默认颜色可能与背景不够对比,我们可以自定义标签文本的颜色。可以为不同的对象选择使用不同颜色的标签。例如将锌离子的标签颜色从默认的黑色修改为红色。 set label_color, red, resn ZN最终效果如下图所示: 如果你需要调整发表文章中所有图片标注的字体,将他们统一设置为一种字体,那么label_font_id是一个必须了解的元件。 4.1 PyMOL中label的字体与对应的id下表中是PyMOL所支持设置渲染标签的字体。可以根据自己的需要对照下表选择字体后确认字体的的id。 Namelabel_font_idSans5Sans Oblique6Sans Bold7Sans Bold Oblique8Serif9Serif Oblique17Serif Bold10Serif Bold Oblique18Mono11Mono Oblique12Mono Bold13Mono Bold Oblique14Gentium Roman15Gentium Italic16特殊字符串 CodeCharacterNameu"\u03b1"αAlphau"\u03b2"βBetau"\u00c5"ÅÅngströmu"\u00b1"±plus/minusu"\u00b2"²superscript 2 4.2 测试字体修改在PyMOL中的使用方法如下: set label_font_id, 9通过以上调整,我们可以更好地控制和定制标签以满足出版图片的质量要求。这些设置可以根据具体需求进一步微调,以确保生成的图像完美呈现所需的信息。 |
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