攻克高级期刊必备：CNS级别的蛋白结构图怎么画？

根据不同的操作系统，选择相应的链接点击进去，大家会发现网站要求我们事先进行一个账号的注册或者登录，大家按照要求注册一个账号就可以启动软件的下载程序。对于Windows用户来说，下载的是一个msi光盘映像文件，直接双击，然后一直点下一步下一步就可以轻松进行安装，没有任何的需要编译的步骤，也不需要基于任何的编程语言环境（PyMol要求计算机安装了Python）。

打开VMD的执行程序后，大家会发现VMD由三个主要的窗口构成：

出程序窗口展示的是当前操作所涉及的程序代码，对普通用户来说，这个用处不大，我们只需要知道如何使用鼠标进行操作，而不需要关心鼠标操作的背后所涉及的程序代码。

主控窗口中包含的就是我们的主要设置项，比如File中可以选择需要载入的蛋白质三维结构文件，通常是PDB格式的文件。Graphics用于设置蛋白三维结构图的展示样式，比如设置颜色，展示样式等，目的就是为了使图形更加好看，这是我们最关心的设置。Display窗口用于设置展示哪些东西。Mouse用于设置鼠标操作方式，比如缩放、平移等。Extensions在绘图时没啥作用，主要是后续的分析要用，所以不是我们这里的重点。

文件读入

我们可以通过File-New Molecule选择我们要读取的PDB 文件。此处我们选择VMD自带的PDB文件。

点击load按钮后，在展示窗口就可以看到该蛋白的三维结构：

这样一种三维结构看起来并不直观，也不好看，所以我们需要对它进行修饰。这时候主要用到的就是主控窗口中的Graphics-Representations。

点击Representations按钮，会弹出一个对话框：

第一步，设置Drawing Method

默认形式是Lines，即你看到的线条（每个原子以不同颜色的线条进行展示，比如C原子以青色的线表示，S原子用黄色的线条展示），我们可以点击下拉菜单，选择我们要的展示形式，比如选择CPK：

你会发现现在的蛋白三维结构是以球形来展示的，比线条好看多了。而且我们可以还可以进一步设置球的大小，线条的粗细等元素。

对于其他展示形式也是同样的，大家可以都试试，看看不同的方法对应的展示形式是怎样的。

第二步，关注Coloring Method

默认情形是Name，即每一个原子都展示出来，我们也可以通过点击下拉菜单进行选择，比如选择展示蛋白的二级结构：

选择Secondary Structure后，还需要将Drawing Method改成NewCartoon，我们就能清楚的看到不同的二级结构，比如紫色的α螺旋，黄色的β折叠，青色的转角，以及灰色的松散结构。

第三步，Selceted Atoms

大家会发现Selceted Atoms的默认设置是all，即展示所有的元素。如果需要改变，则应选择Selections这个窗口。

在Singlewords中，我们可以选择不同的展示元素，比如选择backbone，则只展示该蛋白的C骨架。除了选择Single word，我们还可以利用Keyword，比如我们首先将Draw Style中还原一下：

然后在Selections中，Keyword选择resname（残基名称），双击选中，然后在右侧的Value中选择需要展示的氨基酸残基，比如脯氨酸（PRO），双击选中，我们就会发现resname PRO就出现在Selected Atoms中了。

以上都是基本的简单操作，下节我们会继续介绍复杂的操作。

END

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