利用TCGAbiolinks下载病理学报告（PDF）和切片图像（SVS）

2024-07-11 07:46| 来源: 网络整理| 查看: 265

我们平时使用TCGA的使用，基本都是下载临床特征数据，生存数据，基因表达量，高级一点的还可以去下载体细胞突变，拷贝变异数和DNA甲基化等。如果知道一些算法，还可以去获取MSI（微卫星不稳定性）、肿瘤免疫微环境等等。但是，TCGA的数据远不止于此，关于肿瘤学研究，尤其是病理学医师，可能更关心的是获得病理学报告和切片图像等信息，其实在HPA数据里我们也是可以看到一些患者的组织学切片的图片，今天我们讲讲如何通过R语言包TCGAbiolinks获取病理学报告和切片图像。

安装和加载包

由于TCGAbiolinks这个包是Bioconductor上的包，如果网络不好的话，建议提前设置镜像。

## 设置清华大学镜像，可以提高下载速度 options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") ## 安装TCGAbiolinks包 BiocManager::install("TCGAbiolinks") ## 加载TCGAbiolinks包 library(TCGAbiolinks) 获取病理学报告 (PDF格式)

首先进行查询，然后下载，可以一次性查询多个患者，也可以输入患者的编码精准查询

## 首先可以设置一个目标文件夹 setwd("~/Desktop/TCGA/COAD") ## 设置目标文件夹 # 从legacy获取病理报告 query.legacy

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