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同学，你好，我没有完全理解你的问题，
1、建立结构的话，我推荐使用MS软件吧，很方便的，如果你们实验室没有购买，可以再小木虫上找找有破解版的，哈哈，版本嘛都无所谓的
2、对与层错结构的建立，可以使用MS切面，然后将所切面做成3D结构，需要的话，再做成supercell，最后将你截得的两个或者多个这样的结构连接起来，连接的时候注意中间真空层的设置，可以设置一系列厚度，经行能量计算后，拟合得到最优的厚度值，进而展开进一步的计算。愿分享我自己的方法：
希望能给你的仿真模拟带来帮助，下面是具体的操作步骤：
1）MS切面，
用MS打开你要研究的结构，Build--Surfaces--Cleave Surface,在弹出的对话框中Cleave plane（h k l ）一栏中，选择你所要切的晶面，最后选择Cleave就可以了；
2）将截面做成3D结构，
将所得截面打开，添加真空层，Build--Crystal--Build Vacuum Slab Crystal，真空层厚度Vacuum thickness一般按照结构周期修改，也可以选择0，最后Build就可以了；
3）建立supercell，
这一步比较简单，打开得到的3D结构，Build--Symmetry--Supercell，在弹出的对话框中，选择三个方向上的扩展就可以了；
4）同样的方法取得另一个截面的3Dsupercell；
5）连接两个supercell，
将两个supercell都打开，Build--Build Layers，在弹出的对话框中，将两个supercell添加到Layer 1，Layer2中，接着选择Layers Details --修改相应的Vacuum值，来得到一系列不同间隔的结构，最后Build就可以了；
6）对不同的结构计算能量，得到最后结构，继续下面的计算吧，
注意：结构的周期性问题，还有晶体结构的变形问题，望有用，
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