R语言ggplot2优雅的创建字母显著性标记图 – 王进的个人网站

#R语言ggplot2优雅的创建字母显著性标记图 – 王进的个人网站| 来源: 网络整理| 查看: 265

标记字母法原理：

先将各处理平均数由大到小自上而下排列，然后在最大平均数后标记字母，并将该平均数与以下各平均数依次相比，凡差异不显著标记同一字母，直到某一个与其差异显著的平均数标记字母b ；

再以标有字母b的平均数为标准，与上方比它大的各个平均数比较，凡差异不显著一律再加标b ，直至显著为止；

再以标记有字母 b的最大平均数为标准，与下面各未标记字母的平均数相比，凡差异不显著，继续标记字母b，直至某一个与其差异显著的平均数标记c；

如此重复下去，直至最小一个平均数被标记、比较完毕为止。这样，各平均数间凡有一个相同字母的即为差异不显著，凡无相同字母的即为差异显著。

用小写拉丁字母表示显著水平 α=0.05 ，用大写拉丁字母表示显著水平α=0.01。

R语言ggplot2优雅的创建字母显著性标记图

加载R包

library(tidyverse) library(multcompView) library(ggsci)

加载数据集

df % as_tibble() %>% mutate(dose=as.factor(dose))

方差分析

anova summary(anova) Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) dose 2 2426 1213 67.42 9.53e-16 *** Residuals 57 1026 18 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Tukey多重配对比较

tukey % arrange(desc(w)) %>% ungroup() %>% left_join(.,as.data.frame.list(cld$dose) %>% select(1) %>% rownames_to_column("dose")) dose w sd Letters 1 2 26.1 3.77 a 2 1 19.7 4.42 b 3 0.5 10.6 4.50 c

绘制条形图

ggplot(dt, aes(dose, w)) + geom_bar(stat = "identity",aes(fill=dose),show.legend = FALSE,width=0.5) + geom_errorbar(aes(ymin = w-sd, ymax=w+sd), width = 0.1) + geom_text(aes(label = Letters, y = w + sd), vjust = -0.5)+ scale_fill_jco()+ scale_y_continuous(expand = expansion(0), limits = c(0,35), breaks = seq(0,35,5))+ labs(x=NULL,y=NULL)+ theme( plot.margin = unit(c(0.2,0.2,0.2,0.2), "cm"), panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(color = "black"), axis.title = element_text(size = 10, color = "black", face = "bold"), axis.text = element_text(size = 10,color = "black"), axis.text.x = element_text(margin=margin(t =3)), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10)), axis.ticks.x = element_blank())

双因素方差分析

anova % summarise(w=mean(len), sd = sd(len)) %>% arrange(desc(w)) %>% ungroup() cld % multcompLetters4(anova,.) le

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