藤木游作

在某个事件（『LOST事件』）中失去了自己的过去的记忆，在调查的过程中发现『LOST事件』别名『汉诺计划』，所以认为『汉诺骑士（ハノイの騎士）』跟那起事件有关，对其抱有着复仇程度的强烈敌意。与有着同样目的的『Café Nagi』热狗车的老板——草薙翔一联合进行黑客活动。

在收到草薙的情报“『SOL科技公司（SOLテクノロジー社）』在寻找神秘AI程序，可能会展开大规模的扫描”后，游作推断出『汉诺骑士』也在寻找神秘AI程序，认为其可以作为对抗『汉诺骑士』的王牌，于是在网络上布下陷阱进行捕捉，并将其封在决斗盘中，变身进入『LINK VRAINS』，以神秘AI程序为赌注与汉诺骑士进行决斗。

因神秘AI程序认为Playmaker赢不了，便解放『电子宙数据素材（Cyverse Data Material）』产生『数据风暴（Data Storm）』，Playmaker进行了『高速决斗（Speed Duel）』，并通过神秘AI程序的引导下在『数据风暴（Data Storm）』中使用了技能『风暴连线（Storm Access）』获得了【解码语者】，击败汉诺骑士。

在神秘AI程序处理掉准备与Playmaker同归于尽的汉诺骑士后，Playmaker拒绝了Go鬼冢和Blue Angel的决斗挑战并登出了『LINK VRAINS』，因与汉诺骑士的决斗被人从网络上目击，Playmaker作为拯救了『LINK VRAINS』的英雄而成为了一大话题。

游作开始对隐藏于神秘AI程序身上的秘密进行调查，听取了草薙的意见将其取名为【Ai】。通过解析读取Ai的记忆，游作看到了五年前Ai与Revolver的战斗，与此同时感受到了Revolver探知到了Ai的位置，让草薙关闭电源得以不暴露其方位。在车外，游作用肉眼看到了在『LINK VRAINS』中Revolver乘着【装弹枪管龙】在寻找Ai的景象。游作用分解程序的威胁从Ai得知：五年前与其战斗的人是『汉诺骑士』的首领——Revolver。游作意识到Revolver是自己应该打倒的对手，而且自己并不是第一次体验到『高速决斗』。并察觉到Ai的存在、『数据风暴』、『汉诺骑士』这三者存在着某种联系，认为Revolver知道过去事件的真相。

后来因为SOL想回收Ai，Go鬼冢在其协助下与Playmaker决斗，被Playmaker击败；Blue Angle想要帮助兄长于是向Playmaker宣战，却被Specter植入了病毒，Ai意识这点到后强制让游作登入，与Blue Angle决斗，虽然胜利但还是导致病毒发作，Blue Angle失去意识。决斗结束后Playmaker前往学校天台找到了昏迷的葵，打电话叫救护车。

在医院里，游作把自己的名字告诉了财前晃。

草薙入侵了医院的数据调查葵的诊断记录，和Ai分析后认为解除昏迷的唯一方法就是从『汉诺骑士』那里得到删除程序。

在这时，Ghostgirl假扮成Blue Angel再次出现，并要求与其再战。草薙认为这是个陷阱想阻止游作去，游作认为自己要对这件事负责，不顾劝阻进入『LINK VRAINS』，随即被晃用陷阱程序困住。

Playmaker向晃解释Blue Angel的昏迷并不是他的原因，但是晃根本听不进去他的解释。在晃折磨Playmaker逼他交代时，Revolver出现，要求晃放开Playmaker，并展示了自己能操控『数据风暴』的能力。表明自己可以轻易地破坏『LINK VARINS』，并且用Blue Angle为人质要求与Playmaker决斗，从而消灭Ai

晃不理解Playmaker为什么会为理应憎恨的自己而战，Playmaker表示并没有恨晃，他憎恨的只有『汉诺骑士』。

在决斗中，Playmaker从Revolver那里得知：Ai的真名是【伊格尼斯】；Revolver做的一切都是为了抹杀Ai和电子宙；Revolver通过解读伊格尼斯语竟然也获得了『风暴连线』的技能。

在勉强挡住了【拓扑逻辑轰炸龙】的怪兽效果后，Ai认为只有使用『风暴连线』在更大的『数据风暴』中拿到比Revolver的怪兽更强的怪兽才赢过Revolver。便解放『电子宙数据素材』产生了巨大的『数据风暴』，Playmaker从『数据风暴』中获得了【防火龙】。为了不让Playmaker使用新王牌，Revolver利用对方怪兽的效果强行平局，二人被吸入数据风暴中心。随后，Revolver决定用『大师决斗（Master Duel）』来定胜负。

因为Revolver的场地魔法【天火的牢狱】的针对电子界族的效果，Playmaker被瞬间压制，Ai的意识也逐渐消失。

Playmaker从Revolver的口中得知，Ai是有意识的AI，并创造出了电子宙，开始一步步支配网络。Playmaker在受到装弹枪管龙的攻击后，回想起了记忆中的那个人（Revolver）对他说的话三点教传教现场。发现自己从十年前的『LOST事件』那时开始便拥有感知网络的能力——『连接感知（Link Sense）』。意识到获胜方法的Playmaker连接召唤了『防火龙』，成功突破了【天火的牢狱】的束缚。在最后一个回合，Playmaker说出了自己要在这场决斗中取胜的三个理由，发誓要报过去事件的仇，击溃『汉诺骑士』了解一切真相，随后获胜。

被Ai吞食了数据的Revolver通过鸿上博士的程序而离开，并遵守约定给了Playmaker删除程序，表示这场决斗只是个开始。Blue Angel获救，一言不发的登出了『LINK VRAINS』并苏醒此后长时间缺席，你真的是女主吗。

在回到现实后，游作和草薙一起分析关于Ai的情报。游作思考Revolver说过的“意志才是生命”，推断出『Ai』是活着的；对于AI如果拥有了思想会变成怎样这一问题表示很在意。

后来Ghostgirl在黑客论坛上（为了故意让草薙看到）要求Playmaker与她进行赌上Ai的决斗，如果Playmaker胜利就能得到入侵『SOL科技公司』数据库的漏洞。为了得到十年前事件的线索，Playmaker便接受了Ghostgirl的挑战。利用『风暴连线』取得新的码语者后轻松获胜，Ghostgirl按照约定把入侵『SOL科技公司』数据库的漏洞交给了他。

放学后，草薙与游作进行攻略『SOL科技公司』主电脑的行动，中途被迫与AI决斗程序——原型机A决斗，同时原型机B打算抢走Playmaker的决斗盘。终于有人懂得物理决斗的意义了吗紧急关头，Blue Angel出现并救下了Playmaker，随后与原型机B决斗。

在打败了AI决斗程序后，Playmaker到达了深处的数据库，却发现提前到达的晃在等待着他。Playmaker得知晃已经知道了十年前的事件，要求晃将数据交给他，但是被晃拒绝；晃让Playmaker就此放弃将Ai交给他，会将事件公布独自追查真相，被Playmaker拒绝。于是二人进行『大师决斗』来决定数据归属。

在决斗中，晃因为不了解游作内心的痛苦和愤怒，多次试图利用自己和葵的悲惨经历劝说Playmaker放弃，把这件事全部交给他去办，无一例外地被Playmaker拒绝（甚至激怒了观看决斗的草薙）。最后Playmaker利用『防火墙龙』的效果表示“我的复仇不需要你们的插手”并获胜，得到了数据。

回到现实后，草薙和游作解析了数据，发现制定『汉诺计划』并实行的是鸿上圣博士，同时也是『SOL科技公司』的研究员，而事件是因为他擅自引起后，被『SOL科技公司』察觉而掩盖了。之后两人看到了更震惊的事——鸿上博士已经在7年前死亡其实是被SOL软禁，又被光之伊格尼斯封锁意识，导致Revolver以为这一切都是SOL搞的鬼，一时间不知如何追踪线索。

汉诺骑士为了启动『汉诺塔』从而在『LINK VRAINS』中大肆攻击用户并夺取他们的意识，Playmaker、GO鬼冢、Blue Angle为了阻止汉诺骑士的阴谋而分别击败了【汉诺三骑士】作哥除了自己决斗的那一次，有一次特意跑去嘲讽了一波队友和敌人，另一次试图在现实中袭击汉诺骑士的人间体，最后共同前往『LINK VRAINS』，期间大量用户继续牺牲，最后只剩下Playmaker和Revolver以及两个非常尽职的新闻工作者。因为数据风暴的暴走，Playmaker差点失足坠落被光之伊格尼斯救上来了。在汉诺塔，Playmaker与Revolver再一次进行高速决斗，期间得知了Ai根本没有失忆因为鸿上圣的生理功能停止，Revolver无心决斗而故意又一次平局，而现实中游作等人找到了Revolver的人间体——鸿上了见。在短暂交流后，作哥知道了自己的三点推断是对方教的，还知道了Ai就是以自己的意识数据为样本而诞生的伊格尼斯理念不合、胜负未分的二人再次进入『LINK VRAINS』进行最后的决斗。尽管Revolver达成了额外连接，但还是被Playmaker击败。登出的前一刻，Revolver表示：“只要伊格尼斯仍然会威胁到人类，我就不会放弃我的使命！”

大家的数据被解放，游作接触了决斗盘的限制，让Ai重获自由。