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图3. 物种基因组水平遗传负荷检验

最后,研究人员利用不同方法检测和评估了物种间基因组渐渗程度大小。结果显示种间亲缘关系在基因组不同区域存在着不同权重的拓扑结构(图4A-B),通过D检验和f4检验分析,证明了基因渐渗在杨属不同物种分化过程中广泛存在(图4C)。

图4 物种间基因渐渗程度评估

为了进一步分析杂交渐渗发生之后,影响基因组水平渐渗位点保留与否及渐渗信号程度的决定因素(图5),研究人员计算和比较了渐渗区域和基因组背景区域间种内核苷酸多态性、种间遗传分化、遗传重组速率、有害突变负荷、适应性渐渗信号等特性,发现渐渗区域的遗传负荷更低,并且渐渗易发生在重组率高的区域。相比有效种群大的物种,有效种群小的物种在渐渗区域富集到更多的适应性渐渗和正选择信号。这些结果表明自然选择、物种群体历史及重组速率等多个不同因素交互作用共同决定渐渗位点的命运,该研究成果可以为今后进一步深入研究和理解杂交渐渗如何影响物种和基因组进化提供重要参考。

图5 基因组渐渗和背景区域的基因组特征比较

该研究得到了国家自然科学基金、中国科学院战略重点研究计划、中央高校基本业务费等经费的支持,四川大学生命科学学院王婧教授为通讯作者,课题组2020级博士生刘舒宇及生命科学学院已毕业博士张磊为论文的共同第一作者。四川大学刘建全教授、毛康珊教授、马涛教授,瑞典农业科学大学Pär K. Ingvarsson教授和瑞典于默奥大学Nathaniel R. Street教授等研究人员参与了该项工作。

此外,王婧课题组拟招聘植物分子生物学(具有林木树种研究经验者优先)、生物信息学、遗传学等专业方向的博士后,有意者请发送简历到邮箱:[email protected]。课题组网站:https://jingwanglab.org 。

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