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单细胞测序之质控分析(QC)

2024-07-10 08:12| 来源: 网络整理| 查看: 265

一、为什么要做质控?

在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败(无效的逆转录或者PCR扩增失败),往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是:

细胞整体上的counts值少(列)基因的低表达(行)线粒体基因或者spike-in的比例相对较高

如果这些损伤的行或者列,没有被移除的话,可能会对下游的分析结果产生影响。所以我们在进行分析之前,一定要率先移除这些低质量的行与列。(一开始的理解,后面整个流程做完之后,或许理解会更多,那么接下来在做详细的补充)

二、质控的基本流程

1、测试数据集的加载

library(scRNAseq) example_sce


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