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做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生,今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图,ko、map等开头的代谢图有啥区别?里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。 KEGG Pathway分类 一般,KEGG中存在三大类代谢图,每个数据路的pathway都有相应的唯一编号,如map00010,据此可在kegg数据库官网查询: 第一类、reference pathway:根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。通路图中的小框都是白色,方便个性化填充颜色,在KEGG中名字以map开头,节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应,比如map00010; http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010 第二类、species-specific pathway:物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如人的糖酵解通路图,hsa00010。 http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010 第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway:ko通路中的节点只代表基因;ec通路中的节点只代表相关的酶;rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。 例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型: http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010 http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010 http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010 图中的符号的解释: 代谢通路图中, 具体官方解释如下(附链接):http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html 翻译结果(来自网络仅供参考): 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高 7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析 8.其他,二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代fastq测序数据解读、 |
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