没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？

2024-06-30 19:00| 来源: 网络整理| 查看: 265

设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part，设置的好对你下游分析也有利，通常我们做转录组测序，需要的样本量每组至少为3个生物学重复，这个处理起来就很合理，并且现在流行的差异分析软件DEseq2，limma，edgeR等等都是针对有重复的数据去做的，但有时候会不幸碰到样品测序失败不能用，导致每组就给你剩一个重复时候该怎么办，之前我有批数据就是这样，但是办法总比困难多不能放过任何实验数据，搜了搜其实还是有一些方法可以去解决的，在这里介绍下我搜到的几种方法。

假如现在你手头有如下文件(test.txt)，只有俩样品RPKM_A (对照) 和RPKM_B (处理), 值为标准化后的RPKM。

图片.png 1. 根据foldchange直接筛选

之前在一篇中文文献中见到有人用这种方法，作者自定义差异基因的标准：至少有一组RPKM值大于5，且满足foldchange(差异倍数) > 2，我们可以在LInux中直接可以用awk进行过滤，其实Excel、R中也可以操作，根据个人习惯吧。代码如下：

### 上调基因######## # 提取B组大于等于5，A组等于0的基因。 less test.txt | gawk '{if (($2==0)&&($3>=5)) print $0}' > up.txt # 提取A、B俩组至少有一组大于等于5，且B组值/A组值大于等于2 less test.txt | gawk '{if (($2!=0)&&($3!=0)) print $0}'|gawk '{if (($2>=5)||($3>=5)) print $0}'|sed '1d'|gawk '{if ($3/$2>=2) print $0}' >> up.txt ### 下调基因######### # 提取A组大于等于55，B组等于0的基因 less test.txt | gawk '{if (($2>=5)&&($3==0)) print $0}' > down.txt # 提取A、B俩组至少有一组大于等于5，且A组值/B组值大于等于2 less test.txt | gawk '{if (($2!=0)&&($3!=0)) print $0}'|gawk '{if (($2>=5)||($3>=5)) print $0}'|sed '1d'|gawk '{if ($2/$3>=2) print $0}' >> down.txt 2. edgeR包

这种方法我在提到过，edgeR包可以做无重复的差异分析，不过需要认为指定一个dispersion值(设置BCV值)，这样得到的结果比较主观，不同的人就可以有不同的结果。通常如果是实验控制的好的人类数据，那么选择BCV=0.4，比较好的模式生物选择BCV=0.1。参考

代码如下：

library(edgeR) ##跟DESeq2一样，导入数据，预处理（用了cpm函数） exprSet

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