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进化树的几种分类
依据不同规则,树的分类可以有很多种。由于本专题主要针对于作图,所以这里主要的原则就是——树的外形。所谓“根”,就是一棵树上的所有基因或物种的最近共同祖先(most recent common ancestor,MRCA)。按照这个祖先的位置是否知晓,进化树可以划分为有根树(rooted tree)和无根树(unrooted tree):顾名思义,一个有根,而另一个没有根。本文的内容都是针对有根树,对于无根树将在以后加以介绍。让我们来看以下三个基本概念:cladogram, phylodram,和dendrogram。 我们为它们分别准备了一个实例: CladogramFrom [1] PhylogramFrom [2] DendrogramFrom [3] 三者的区别其实很简单,关键在于枝长(branch length)是否代表进化距离。实际上,三者的分别可以由对英文单词的剖析中窥见一斑,其历史都是源远流长,可以追溯到苏格拉底和亚里士多德的时代(括号内为希腊文写法): Phylo:race or tribe (fyli, φυλή) Clado:branch (clados) Dendro:tree (dendro) Gram:written or drawn (gramma, γράμμα). 所以看图,再结合词根的意思,我们不难发现: cladogram强调branching的关系,或者可以理解为拓扑上的关系,枝长(branch length)不代表进化距离,每一个tip在末段对齐。 phylogram强调的是phylogenetics,枝长有意义,通常代表变化的多少或进化的距离,越长距祖先状态变化越大 dendrogram是一种特殊的phylogram,其末端的tip对齐,常用于表示物种分化时间(divergence time)。换言之,从一个祖先衍生出的不同物种或许有着不同的进化历程,却经历了相同的进化时间。(如下图所示) 其实还有一种phylogram,为了作图时的美观和清晰,把基因名或者物种名在末端用虚线对齐,但这无法改变其phylogram的本质,如下所示: From [4] 参考:https://www.jianshu.com/p/d073f161f320 |
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