LAMMPS 教程

下表列出了每种类型所包括的属性以及会用到这种类型的典型物理体系。所有类型都包括坐标、速度、原子 ID 和原子类型。

原子类型

属性

适用体系

amoeba

molecular + charge + 1/5 neighbors

AMOEBA/HIPPO polarized force fields

angle

bonds and angles

bead-spring polymers with stiffness

atomic

only the default values

coarse-grain liquids, solids, metals

body

mass, inertia moments, quaternion, angular momentum

arbitrary bodies

bond

bonds

bead-spring polymers

charge

charge

atomic system with charges

dielectric

dipole, area, curvature

system with surface polarization

dipole

charge and dipole moment

system with dipolar particles

dpd

internal temperature and internal energies

DPD particles

edpd

temperature and heat capacity

eDPD particles

electron

charge and spin and eradius

electronic force field

ellipsoid

shape, quaternion, angular momentum

aspherical particles

full

molecular + charge

bio-molecules

line

end points, angular velocity

rigid bodies

mdpd

density

mDPD particles

mesont

mass, radius, length, buckling, connections, tube id

mesoscopic nanotubes

molecular

bonds, angles, dihedrals, impropers

uncharged molecules

oxdna

nucleotide polarity

coarse-grained DNA and RNA models

peri

mass, volume

mesoscopic Peridynamic models

smd

volume, kernel diameter, contact radius, mass

solid and fluid SPH particles

sph

rho, esph, cv

SPH particles

sphere

diameter, mass, angular velocity

granular models

bpm/sphere

diameter, mass, angular velocity, quaternion

granular bonded particle models (BPM)

spin

magnetic moment

system with magnetic particles

tdpd

chemical concentration

tDPD particles

template

template index, template atom

small molecules with fixed topology

tri

corner points, angular momentum

rigid bodies

wavepacket

charge, spin, eradius, etag, cs_re, cs_im

AWPMD

上面的类型中，除了 sphere, ellipsoid, electron, peri, wavepacket, line, tri, and body 定义的是有限尺寸粒子，其他类型定义的都是点粒子。

对于定义为有限尺寸粒子的原子类型，在设置质量时是对每一个粒子进行的；而对于点粒子，质量是对类型进行设置的。

body

在 LAMMPS 中，body 是广义的有限尺寸粒子。单个 body 可以表示复杂的实体，例如离散点的表面网格、子粒子的集合、可变形对象等。

body 接受一个 bstyle 参数，可选值为：nparticle rounded/polygon rounded/polyhedron

nparticle

nparticle 将 body 表示为具有可变数量 N 个子粒子的刚体。

指定该样式时需要两个额外的参数：

其中，Nmin 表示最小子粒子数，Nmax 表示最大子粒子数，Nmin 和 Nmax 参数用于限制每个粒子使用的数据结构的大小。

Note

对于该种样式的坐标文件编写，参见手册。