ZDOCK蛋白质对接软件下载

作者：shims

ZDOCK和M-ZDOCK都是基于快速傅立叶变换的蛋白质相互作用对接程序，该程序由马萨诸塞大学医学院的Zhiping Weng的实验室（ZLAB）提供并维护。ZDOCK程序主要用来搜索两种蛋白质之间通过平移和旋转而得到的空间中所有可能的相互结合模式，并使用基于能量的评分函数评估每个结合模型。目前主要有两个版本的ZDOCK程序，分别为ZDOCK 3.0.2版本，使用IFACE统计势能，结构互补和静电等构成的打分函数；ZDOCK 2.3.2版本，使用ACE统计势能，结构互补和静电构成的打分函数。通过使用176个测试用例未结合蛋白质对接为基准表明ZDOCK 3.0.2的打分函数与ZDOCK 2.3.2相比，具有优异的预测性能。其提供较慢的运行时间，但预测性能没有变化。

ZDOCK程序对于学术用户是免费使用的，同时其也集成到了很多的商业化软件中。作为学术用户可以通过其官方网站填写邮箱地址获取学术版的下载地址。

在ZDOCK的网站上提交邮箱，需要注意的是这里一定要是学术机构的邮箱，而不能是商业邮箱，如国内用户使用较多的163邮箱，yeah邮箱，126邮箱，QQ邮箱，新浪邮箱，CCTV邮箱，搜狐邮箱，阿里邮箱等。一般大学都为其教职工和学生提供有邮箱地址，如果你没有学术机构的邮箱是没法获取免费的学术版本的，同时也不能够使用其在线服务。大学提供的邮箱一般是****@***.edu.cn格式的。推荐使用大学和科研所的邮箱，而不是一些小的非盈利组织的邮箱，虽然目前也支持非盈利组织的邮箱，但是不太出名的这些组织很容易被判定为商业邮箱的。

在填写了学术邮箱地址之后就是等待对方发送用户名和密码到指定的邮箱。在收到的邮件中包含了用户名（一般就是等级的邮箱地址）、用户密码（看起来就是随机字符）。通过邮件中的地址打开并输入账号密码就打开的ZDOCK的下载页面。

在ZDOCK的下载页面不仅提供有ZDOCK软件各个版本和平台的下载，同时也提供有M-ZDOCK、RDOCK、ZRANK等相关软件的下载。目前ZDOCK还在提供的有1.3、2.1、2.3、2.3.2、3.0、3.0.2等版本，不过并不是每个版本的都支持所有的平台，如IBM Blue Gene/Q平台就只有ZDOCK3.0支持，其他版本的都不支持。在下载的时候一定要选择自己系统合适的版本下载，如这里是64为通过Linux系统，就下载64-bit Linux平台的就可以了，而且该平台也是目前支持的最好的，除了1.3版本之外所有版本的ZDOCK都支持。

这里下载了2.3.2版本和3.0.2版本的ZDOCK，主要是这两个版本使用的打分函数有些不同。ZDOCK 3.0.2版本，使用IFACE统计势能，结构互补和静电等构成的打分函数；ZDOCK 2.3.2版本，使用ACE统计势能，结构互补和静电构成的打分函数。为了使用需要就下载了这两个版本。

ZDOCK下载的文件名分别为zdock2.3.2_linux_x64.tar.gz和zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz，通过文件名可以方便区分版本和支持的平台。

通过以上过程就能成功获取ZDOCK的学术版了。通过邮箱发送给来的账号和密码在登陆之后的有效期只有24小时，最好是在24小时内将需要的版本下载，如果没能在24小时内完成则需要再次申请下载。不过可以看到ZDOCK软件的申请非常简单，相对于还需要传送传真的授权方式方便了太多。