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GEO数据挖掘
1. GEO数据库简介2. 数据下载3. 数据质量检查4. ID转换5. 数据探索5.1 PCA分析5.2 hclust聚类5.3 limma包进行差异分析5.3.1 热图5.3.2 火山图
5.4 GO and KEGG
生信菜鸟一枚，记录下学习生信技能树GEO数据挖掘相关视频的学习笔记。 1. GEO数据库简介NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。网址如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 2. 数据下载gset是一个列表，里面拥有表达矩阵、分组信息、临床资料等等内容， ########################################### # GEO accession : GSE42872 # Platforms : GPL6244 # BioProject : PRJNA183688 ########################################## #####数据下载##### if(!require(GEOquery)) BiocManager::install("GEOquery") # 安装包 package.version("GEOquery") # 查看版本 help(package = "GEOquery") # 查看GEOquery中的函数 library(GEOquery) # 加载包 library(tidyverse) search() # 查看已加载R包 gset paste(substr(.,1,1),tolower(substr(.,2,nchar(.))),sep = "")} exprset.symbol |
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