中药复方网络药理学与分子对接100个常见问题答疑（1）

1.TCMSP数据库没有相关成分怎么办？答：可以从其他数据库获取成分靶点，比如ETCM、Symmap、YaTCM、TCMIP数据库，或者查找最新文献补充。

2.从其他数据库获取的化学成分没有MOLID怎么办？

答：MOLID只是这个化学成分在TCMSP里的代号，你可以自己给它编写一个，或者全部成分统一编码，比如M1、M2、M3........。

3.筛选活性成分时，OB 和DL值的依据是什么？

答：一般来说会活性成分的筛选标准是OB（口服利用度）>30，DL（drug-likeliss，类药性）>0.18。标准是通用标准，如果你筛选的成分太少，也可以适当降低标准，比如把数据调整为20 和 0.15等，有的中药的给药途径不是口服给药，那么就可以不考虑OB值，因为OB是反应药物经胃肠道吸收进入血液的含量，那么比如静脉给药、经皮给药、黏膜给药等方式不经过胃肠道，就没有必要考虑OB值。另外通过文献查询和实验所获的等活性成分，也可以不必考虑OB和DL值，尤其是你正在研究等成分，直接补充上去。

4.活性成分如何预测靶点？是不是用多个数据库预测？

答：特别强调，原则上：活性成分的靶点预测，最好只用一个数据库的结果，因为不同数据库预测成分靶点的计算方法不一样，标准不一样，混在一起不科学。就比如选美，唐朝认为胖为美，当代认为瘦为美，非洲认为黑为美，如果你把当时当地认为美的人排排坐，是很恐怖的。当然，如果你的数据库没有该物质的靶点，才可以从其他数据库进行补充。再强调一下：活性成分靶点最好用一个数据库的。

5.疾病靶点如何预测？是不是可以用多个数据库预测？

答：疾病靶点的预测多多益善，因为疾病的靶点基本都是被证实的作用靶点，不是预测的靶点，可信度非常高，所以越劝越好。介绍了多达5个数据库的疾病靶点，比如genecard、OMIM、TTD、pharmgkb等，而且可以通过R脚本，一键剔除重复靶点，获取并集靶点，绘制漂亮的Venn图。

6.Genecard获取的疾病靶点太多怎么办？

答：可以根据Relevance score来调整，一般选择Relevance score大于1的，如果比较少靶点，选择Relevance score大于0的。如果还太多，选择大于10 的。具体可以参考相关文献或者依据实际经验。

7.为什么视频里Cytoscape软件界面和自己的不一样？

答：不同版本的Cytoscape界面稍微有不同，大家熟悉下几个菜单的位置即可，不影响后续操作。尤其是找到style菜单的位置。另外苹果系统和微软系统界面的软件也会有差异。

8.SwissTargetPrediction预测的成分靶点如何筛选？

答：SwissTargetPrediction作为预测成分靶点的常用工具，一般从pubchem里下载成分的2d结构，导入SwissTargetPrediction数据库，然后选择probability（可能性）大于0.1的即可，也可以调整这个值。建议大家做成分靶点获取的时候，从单一网站获取，不要再去混好几个数据库了，这和疾病靶点获取不一样。

9.Biosgenet 插件无法装载或不能使用的问题？

答：Biosgenet插件获取基因的蛋白互作网络关系，筛选核心基因，说实在的，运行非常慢，建议大家换个方法，采用string网站预测蛋白互作网络关系，再通过cytoNCA插件筛选核心基因。

10.CytoNCA插件无法下载安装怎么办？

答：没有好办法，换个时间、换个网络、手机热点链接、科科学学上网，这些方法都可以试一试，再不行，下载包，本地安装。找同学下载包，发给你，本地安装。

11.分子对接为什么有20个不同的对接能？

答：分子对接是模拟小分子（药物成分）配体，与大蛋白（靶点）受体进行结合的方法，考察其结合能、结合位置和结合方式。一般来说结合能为负数，说明结合不需要能量，还能释放能量，说明它们遇见了，就有可能结合在一起，就有可能一见钟情，绝对值越大，说明对接越好。分子对接采用的方法是半柔性对接，也就是小分子配体花枝招展，变化姿势，大蛋白受体岿然不动，刚性的，被动的。这么模拟的原因是，小分子结构简单，变化的姿势较少（展示其中20个姿势），所以让它多动，而大蛋白，分子键太多，姿势太丰富了，计算不过来。所以实在没有办法，只能让蛋白别动了。妥协一下。实际情况是，配体和受体都是会同时变换姿势、互动的。目前只有超级计算机才完成得了蛋白动起来的对接，即柔性对接。

12.为什么autodock每次分子对接结果不一样？

答：autodock采用的是自动对接的方式，每个人设置的对接口袋坐标和大小都不一样，这会影响对接结果，所以文献里采用autodock对接方式的，都要汇报坐标参数，否则别人无法重现。

13. 软件对接结果出现了unamed怎么办？

答：在做批零对接的时候，尤其是经过Chem3d转换后的mol2格式成分，文件里面没有命名，都为unamed。解决办法，就是把mol2格式的文件用TXT打开，自己给分子添加命名，再保存，接下来完成后面的对接操作。

14.请问BATMAN-TCM和TCMSP有什么差别呢?

答：不同数据库，算法不一样，所预测的靶点就不一样，目前中药复方网络药理学主要是针对植物药的小分子成分。像动物药很多都是蛋白大分子，在预测靶点方面存在不足。另外矿物药溶解度很低的。只能通过文献收集了。

15.TCMSP中有些成分OB和DL值都很高，但是没有CAS和Pubchem号，那这种成分需要去除吗？

答：根据化合物名称查询相关信息，补充。如：ChemSpider数据库。代号都不重要，成分最终纳入删除与否不是机械地根据几个指标以及数据库有没有收录该成分。

16.如何从PDB数据库下载合适的蛋白结构？

答：建议从uniprot找蛋白数据，选择人类属性的、验证了的。再选择分辨率高的、单链的、有相似配体在里面的。确定好了，再从pdb数据库下载，筛选合适的蛋白。

17.蛋白对接前为什么要加氢？

答：蛋白大多是通过x-ray衍射方法获取结构，氢太小了，衍射结果展示不了，所以只能通过后期添加的方式补充进去。

18.sybyl分子对接采用auto自动模式还是ligends模式？

答：优先ligends模式，减少计算时间，可信度更高。其次，再考虑自动对接模式。

19.sybyl分子对接蛋白配体如何选择？答：pdb数据库可以查询到蛋白里面的ligends,看他的结构和对接的分子是否相似，是的话，就可以选为配体分子。没有的话，就全部删除，采用自动对接模式。

20.R包下载安装不了怎么办？

答：换镜像、换手机热点、换地方、换时间、科学上网、找别人下载好包，本地安装。这些办法都试一下，没有你安装不了的包。实在不会，call me远程操作。