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题目：3DFlex: determining structure and motion of flexible proteins from cryo-EM

文献来源:Nature Methods | Volume 20 | June 2023 | 860–870

代码：无

简介：柔性大分子的建模是单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）中最重要的挑战之一，它有可能阐明结构生物学中的基本问题。作者引入了Three-Dimensional Flexible Refnement（3DFlex），一种基于运动的神经网络模型，用于低温电子显微镜数据的连续分子异质性。3DFlex利用了蛋白质的构象变化通常是物理过程的结果，这些物理过程在空间上运输密度，并倾向于保持局部几何结构。从二维图像数据中，3DFlex能够确定高分辨率的3D密度，并提供了一个灵活的蛋白质在其构象景观上的运动的明确构象。实验中，对于大分子机器（三snrnp剪接体复合体，易位核糖体）和小融合蛋白（TRPV1离子通道，αVβ8整合素，SARS-CoV-2 spike），3DFlex学习非刚性分子运动，同时解决移动二级结构元件的细节。3DFlex可以提高三维密度分辨率，超越现有方法的限制，因为粒子图像在构象景观上提供了相干信号。

主要内容：

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