宏基因组学测序FAQ

 1. 宏基因组测序可以用于疾病研究吗，研究一个疾病需要多少样本数？

可以，通过肠道微生物与疾病关联分析的方法，对肥胖，肠炎以及糖尿病等疾病进行研究，一般需要疾病的样本约35例，对照组35例,每个样本的数据量约2.5G.具体的情况视疾病差异可作调整。对于疾病的研究，建议分成2步实施，首先对样本进行16S rDNA和whole genome的survey，评估样本的的复杂程度以及宿主的污染情况。第二步根据普查研究的结果，挑选具有代表性的样本进行深度测序，降低了项目实施的风险。

2. 人肠道相关疾病的宏基因组研究需要对照吗？

需要，因为样品提取过程中，提取方法的差异，对物种丰度的影响较大，所以需要同时提取疾病组和对照组的样本。虽然我们有人肠道的参考基因集，但是样本大部分来自欧洲，虽然也有中国人的肠道微生物数据，这只能作为分析时的参考，不能与具体样本进行对比分析。

3. Whole genome metagenomics sequencing是否可以构建大片段文库测序?

小片段文库测序的数据，一般可以得到1-2k的contigs，对于常规的基因研究已经足够；针对简单的环境样品，在小片段文库的基础上，构建大片段文库测序，组装可以获得更长的序列，得到更好的分析结果。

4. RNA病毒可以进行宏基因组研究吗？

须先将病毒RNA链反转成DNA单链，再根据第一链DNA合成第二链，提供双链DNA样品才能进行测序。

5. 16S rDNA测序与全基因组宏基因组测序的区别？

16S测序以分类研究为核心，可以提供物种分类，物种丰度以及系统进化分析。宏基因组测序除了能提供物种分类，物种丰度分析之外，还能做基因功能以及代谢通路相关的研究。

6. 宏基因组学可以研究哪些环境中的微生物群落？

a．人体微生物，包括口腔，肠道，胃，呼吸道，鼻腔，生殖道，血液，皮肤等等部位的微生物群落。

b.动物微生物，包括瘤胃，昆虫肠道等等部位的微生物。

c.环境微生物：包括土壤，海洋，湖水，矿地，极地微生物等等。

d.植物内生菌：植物的菌根等等。

e.工业微生物:酿酒微生物，发酵微生物，沼气微生物等等。

f.特殊环境的微生物：矿井、 黄石公园、 古代动物的尸骨、火山口…

7. 能否定制个性化信息分析，如何进行？

可结合合作伙伴的需求，协商确定个性化信息分析服务内容。

编辑： 莉莉

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