单细胞数据的导入与质控

2023-08-17 16:55| 来源: 网络整理| 查看: 265

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题目：单细胞数据的导入与质控 - Seurat 语言：R Author: YQ ###################################### step0.设置工作环境

方法一：新建repository，在该repo内写R.scripts

方法二：setwd()

setwd('/Users/apple/Desktop/Rsave/') getwd()

创建以下目录

single_cell_rnaseq/ ├── data ├── results └── figures step1.导入数据，创建计数矩阵

目前我碰到的有这几种情况；

- 情况一：三个文件

三个文件指的是“barcodes.tsv","features.tsv","matrix.mtx"; 这个情况就比较好处理了，barcodes.tsv就是cell id，features.tsv就是gene id，matrix.mtx就是计数counts矩阵

##示例 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136916 # 设置默认路径 matrix_dir = '/Users/apple/Desktop/Rwork/Glasslung/' # 按路径读取三个文件 barcode.path

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