说一说转录组链特异性文库的那些事

图1 IL24基因链特异性文库与非链特异性文库定量结果

研究已证实IL24位于“+”链上，因此真正源自IL24基因的序列reads是反向互补并映射到“-”链上。因此，在链特异性文库的RNA-seq中，仅计数映射到“-”链的reads。可以看出，在链特异性文库几乎所有的reads都被映射到“+”链(如图2)。因此，不计算这些reads数，也说明了为什么在图1链特异性文库的IL24基因没有表达。链特异性文库比非链特异性文库基因的表达水平更可靠。

图2 IL24基因定量结果可视化图

(蓝色是比对到正链，绿色是负链)

02、有利于发掘潜在顺式天然反义转录本

天然反义转录物(Natural antisense trans,NATs)通常指天然情况下生物体内生成的反RNAs，它们可以与其互补的RNAs通过碱基配对，形成正义-反义RNAs双链(dsRNAs)。根据来源，NATs可以为两类:顺式NATs(cis-NATs)和反式NATs(trans-NATs)。Cis-NATs来自基因组同一位点相反链上的转录，互补区在两个基因的重叠部分，重叠长且完全互补，通常以“一对一”的方式调节有义链的表达。Trans-NATs来自基因组不同位点的转录，重叠区域短且不完全重叠，可以调节多个有义链的表达。

链特异性文库可以提高反义链上非编码转录本的检出率，同时也便于确定哪些位于基因间的非编码转录本的方向。

图3 水稻中鉴定到的一对一cis-NATs

为了全面鉴定水稻cis-NATs，文章采用链特异性文库对模式植物水稻(Oryza sativa L.)中具有明确方向的cDNA进行深度测序，收集在正常和三种非生物胁迫条件下(盐，冷和干旱处理)生长的水稻幼苗构建链特异性文库，以评估转录方向清晰的转录本。检测结果表明，大约89.4-95.5%的reads序列与正确的转录方向一致，与链特异性文库数据相反，之前的普通转录组文库数据中，只有一半的reads序列读取与相同转录方向的基因一致，证实了链特异性文库数据的可靠性，链特异性文库有利于发掘大量潜在顺式天然反义转录本。

03、对可变剪切事件的检测更准确

因为链特异性文库可以排除反义转录的影响，使得可变剪接事件的识别存在假阳性而降低。如发掘新的circRNA，circRNA由反向剪切形成，链特异性的测序方式有助于提高circRNA检测的准确率。

04、无参转录组组装更真实

在进行无参转录本组装时，明确转录本的方向性很有必要，普通转录组组装出来的unigene既包括编码转录本，也包括一些非编码转录本(比如lncRNA)，但是如果不区分正反链，那么有互补配对关系的编码与非编码转录本会被组装成一条转录本，链特异性文库更有利于无参转录组组装。

05、有利于原核生物操纵子(operon)的分析

原核生物的基因为多顺反子结构，如果不区分反义转录本上的基因，其对应位置的基因表达量会计算不准确，操纵子及基因结构的预测也不准确。链特异性测序能够更准确地对操纵子进行分析与鉴定。

图4 Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi)操纵子分析

说了这么多关于链特异性文库的事，相信大家在选择文库类型的时候也不会再纠结，链特异性文库做起来，来看一看微分的转录组产品。

微分转录组产品优势

1、建库成功率高＞98%，测序质量好Q30＞85%

2 、构建链特异性文库，减少比对错误，保证结果的准确性

3 、分析全面：标准分析+定制化分析

4 、一站式服务：上游测序+下游QPCR验证

参考文献：

1.Mills J D,Kawahara Y, Janitz M. Strand-specific RNA-seq provides greater resolution oftranome profiling[J]. Current genomics, 2013, 14(3): 173.

2.Park J W,Chariker J, Xing Y. Strand specific RNA-seq data for higherspecificity[C]//Proceedings of the 2015 Conference on research in adaptive andconvergent systems. ACM, 2015: 123-124.

3.Zhao S, Zhang Y, Gordon W, etal. Comparison of stranded and non-stranded RNA-seq tranome profiling andinvestigation of gene overlap[J]. BMC genomics, 2015, 16(1): 675

4.Lu T , Zhu C , Lu G , et al. Strand-specific RNA-seq reveals widespread occurrence of novel cis-natural antisense trans in rice[J]. BMC Genomics, 2012, 13(1):721.

5.Perkins T T , Kingsley R A , Fookes M C , et al. A Strand-Specific RNA–Seq Analysis of the Tranome of the Typhoid Bacillus Salmonella Typhi[J]. PLOS GENETICS, 2009, 5(7):0-0.返回搜狐，查看更多