焕新升级

铁死亡（Ferroptosis）是一种铁依赖的、由脂质过氧化物累积导致的调节性细胞死亡新形式，由哥伦比亚大学Brent R. Stockwell教授于2012年提出。铁死亡与多种生理活动或现象有关，包括发育、衰老、免疫、疾病等多个方面。因此，对铁死亡的调节机制进行研究，具有重要意义。

广州医科大学附属脑科医院和四川大学研究人员于2020年合作发布了第一个铁死亡调节因子和疾病关系数据库FerrDb V1，历经两年的持续更新和维护，升级后的FerrDb V2论文已于2022年10月28日在国际著名学术期刊Nucleic Acids Research（中科院一区top，升级版二区top，IF = 19.16）在线发表（图1）。广州医科大学附属脑科医院周南、中山大学孙逸仙纪念医院袁小青、四川大学杜青松为共同第一作者；四川大学鲍锦库、广州医科大学附属脑科医院宁玉萍、中山大学孙逸仙纪念医院彭丽为共同通讯作者。

图1. 论文网页截图

FerrDb V2拥有全新的用户界面、更好的交互性能、更丰富的资源、更高的数据质量、以及更多的分析工具。

FerrDb V2收录了从3288篇论文中搜集到的1001个铁死亡调节因子（264个驱动基因、238个抑制基因、9个基因标志物、110个未分类基因、201个激活剂，179个抑制剂）和143个铁死亡--疾病相互关系。与FerrDb V1相比，覆盖的论文数量增加了3倍，铁死亡调节因子的数量增加了1.75倍，铁死亡--疾病相互关系的数量增加了约50%。环状RNA和假基因也被首次收录进来，非编码RNA的占比由7.3%增加到了13.6%。

FerrDb V2也整合了来自公共数据库的资源（如GTEx、TCGA、DepMap、GEN等），能更加方便的对目标基因进行多层次多角度的关联分析。值得强调的是，FerrDb V2提供了一个在线的基因集富集分析工具，可以对目标基因列表进行基于GSEA和over-representation方法的富集分析，可以很方便的研究目标基因是否参与铁死亡调控。

图2. FerrDb V2概览。

该研究得到了国家自然科学基金、广东省/市科技项目等的支持；该工作也得到了FerrDb广大用户的喜爱、关心、鼓励与支持。

文章链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkac935

数据库链接：http://www.zhounan.org/ferrdb/

 （来源于广州医科大学附属脑科医院公众号）