富集分析天花板之ClusterProfiler4

在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔，想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下，他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。Y叔在国际也有很高的知名度，以至于ClusterProfiler 4在发出后有很多国际知名生信学家评论。

生物信息学软件很多都死在故纸堆里，发表文章之后，就走向毁灭，这叫publish and perish。clusterProfiler之所以能够成功，因为Y叔对它充满感情，10年如一日地维护，但是自2012年发表一篇文章以来，虽然软件一直在更新，但相应的文章一直没有再发一版。时隔9年，Y叔终于再出一篇文章，而且是把论文写在祖国大地上，clusterProfiler 4.0发表在中科院青促会主办的期刊The Innovation。下面附上文章信息：T Wu#, E Hu#, S Xu, M Chen, P Guo, Z Dai, T Feng, L Zhou, W Tang, L Zhan, X Fu, S Liu, X Bo, G Yu. clusterProfiler 4.0: A universal enrichment tool for interpreting omics data. The Innovation. 2021, 2(3):100141. doi: 10.1016/j.xinn.2021.100141。

截至目前，第一版的ClusterProfiler已经被引用了5000次，文章在G Yu, LG Wang, Y Han and QY He*. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287. doi: 10.1089/omi.2011.0118，国内很难再有一个单独R包可以达到这个高度。那么，新版的ClusterProfiler 4.0又给我们带来什么样的惊喜你额，今天小编就来简单介绍一下这个伟大R包的新版本。

ClusterProfiler最经典、最重要的一个功能就是GO富集分析了，新版的GO分析有groupGO()，enricogo()和gseGO()三个函数，而且支持OrgDb收录的所有物种。下面使用DOSE包中的geneList作为示例进行演示