【技术】基于SnapGene软件的多序列比对教程

SnapGene是生工生物反复推荐过的核酸、蛋白序列分析、处理软件，对于多序列的比对功能自然也是不在话下的。

下面以txt序列文件为基础，介绍一下详细的多序列比对流程：

（txt文件怎么来的？在搜索栏中搜索“保守序列”，点此搜索）

1 打开SnapGene，直接将txt拖入snapgene起始界面。

2 SnapGene将自动识别txt中的每个序列，并将其拆分成为单独的序列文件，点击“Import”，软件将生成一个文件夹，文件夹中含有txt中的每一个FASTA序列。

3. 用SnapGene打开任意一个序列（推荐打开文件大小最大的），选择Tools菜单栏中的“Align Multiple Sequences”功能（快捷键Ctrl+L）

4. 在弹出的窗口中，将剩下几个序列都选中，点击“打开”，SnapGene将对选中的序列进行多重比对：

5. 比对结果如下图所示，在下方的Map标签页，我们能够看到这几个转录变体同源及非同源区域所在的位置，非同源区域以空白或者三角显示，同源序列以蓝色显示。

6. 点击下方的Sequence标签页，我们能够看到具体的比对结果信息：

7. 我们可以用鼠标选中绿色的区域，复制、粘贴就得到了这几个转录变体的同源序列了。