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R语言实战临床预测模型

2024-06-30 19:14| 来源: 网络整理| 查看: 265

19  ROC曲线的最佳截点

前面我们介绍了超多可用于确定连续性变量最佳截点的R包,比如surv_cutpoint()、x-tile、cutoff等,这些方法主要是为了在做生存分析时获得最小的P值:

R语言生存分析的实现 生存分析最佳截断值的确定 最佳截断值之cutoff

ROC曲线一般用在诊断实验中,ROC的最佳截点,通常是要ROC曲线下面积最大(或者最大敏感性、最大特异性等),也就是基于约登指数。今天介绍一些常见的可以用于确定ROC曲线最佳截点的R包,同时包含了二分类数据和生存数据,有一些包我们在之前的推文中也介绍过。

19.1 pROC

只能用于二分类数据,不能用于生存数据。

使用pROC包需要注意,一定要指定direction,否则可能会得出错误的结果。

这个R包计算AUC是基于中位数的,哪一组的中位数大就计算哪一组的AUC,在计算时千万要注意!

关于这个包的详细介绍,请参考文章:用pROC实现ROC曲线分析

使用pROC包的aSAH数据,其中outcome列是结果变量,1代表Good,2代表Poor。

library(pROC) ## Type 'citation("pROC")' for a citation. ## ## Attaching package: 'pROC' ## The following objects are masked from 'package:stats': ## ## cov, smooth, var data(aSAH) dim(aSAH) ## [1] 113 7 str(aSAH) ## 'data.frame': 113 obs. of 7 variables: ## $ gos6 : Ord.factor w/ 5 levels "1"


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