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哺乳动物肠道被认为是一个重要的微生物生态系统。在特定的哺乳动物谱系中，宿主与其相关微生物之间存在着完全强制性的依赖关系，微生物群落通过这种依赖关系执行基本过程，例如为宿主消化饲料。其中最具代表性和生态相关的例子是反刍动物-前肠发酵罐严重依赖其相关的肠道微生物消化植物饲料，这使反刍动物能够将构成植物生物量主要部分的纤维素和半纤维素等复杂多糖转化为营养性食物。瘤胃微生物组的功能与宿主生理学密切相关，如：瘤胃上皮细胞的发育可能涉及短链脂肪酸（SCFA）对宿主基因调控的调节。由于反刍动物宿主对其微生物组的典型强制性依赖性，这些系统是了解动物宿主与其微生物之间生态和进化关系基本方面的优秀模型。
本综述总结了60多年来对瘤胃微生物生态学和宿主微生物群相互作用的有关瘤胃微生物群落的主要特征，与瘤胃微生物群落的其他成员相互联系，以及这些联系是如何发生相关的研究。因为从非培养技术获得的典型瘤胃成分与报道的瘤胃来源的培养微生物之间仍然存在很大差异，若要进一步加深我们对瘤胃中不同微生物群功能的了解，我们需要分离得到更多瘤胃微生物，而更好地了解分离的瘤胃微生物组成员对于揭示驻留微生物之间的代谢相互作用以及使微生物组的合理设计成为可能至关重要。总的来说，本综述系统的汇总、概述了瘤胃微生物群的组成、生态和代谢，以及对宿主生理和环境的影响相关的总体前沿研究进展和概况，并提出了一些需要关注的科学问题和目前依然存在的挑战。
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