单细胞barcode和umi的作用

每个Gel Beads 上都会有多段特殊序列，是预先制备的，我们以红色框选中的一段序列说明。

Read1是上游引物。

10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列（序列空间350万），在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的，在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后，可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列，也就可以认定这些序列来自同一个细胞。所以我们通常说Barcode序列是用来标记细胞的。

UMI是一段12nt的核苷酸序列（序列空间100万），但与Barcode序列不同的是，一个Gel Beads中UMI序列是不同的。UMI序列的空间很大，远多于需要检测的原始细胞的mRNA数量，(即使一种mRNA有多条，也是达不到UMI的序列空间的)。所以每一条mRNA都会带上一个独特的UMI。

UMI的作用是绝对定量，因为每个mRNA的扩增效率是不一样的，即使两个初始的mRNA表达量一致，在多轮扩增之后，我们也会误认为他们差异表达。UMI通过初始的标记，让我们可以统计扩增后UMI的种类就可以知道原始的表达量了。

PolyT用来匹配PolyA，以捕获mRNA。

最终全长测序文库如图

参考：https://www.cnblogs.com/ZhengAbel/p/13894907.html 讲的很清晰。