TCGA的样本命名（Barcode）详解 – 王进的个人网站

Sample：其中编号01~09表示肿瘤，10~19表示正常对照。（区分正常和癌症样本的凭证）

Code

Definition

01

Primary Soild Tumor(原发性实体肿瘤）

02

Recurrent Soild Tumor(复发性实体肿瘤）

03

Primary Blood Derived Cancer -Peripheral Blood(原发性血源性-外周血）

04

Recurrent Blood Derived Cancer -Bone Blood(复发性血源性-骨髓）

05

Additional -New Primary

06

Metastatic(转移肿瘤）

07

Additional Metastatic

08

Human Tumor Original Cells(肿瘤原始细胞）

09

Primary Blood Derived Cancer -Bone Marrow(原发性血源性-骨髓）

10

Blood Derived Nomal

11

Soild Tissue Normal

01A：癌症组织

01B：福尔马林浸泡样本

02A：复发组织06A：转移组织

Analyte：分析的分子类型

Code

Definition

D

DNA

G

Whole Geneome Amplification (WGA) produced using GeneomePlex(Rubicon) DNA

H

mirVana RNA(Allprep DNA) produced by hybrid protocol

R

RNA

T

Total RNA

W

Whole Geneome Amplification (WGA) produced using Repli-G (Qiagen) DNA

X

Whole Geneome Amplification (WGA) produced using Repli-G X(Qiagen) DNA(2nd Reaction)

看一个例子：

TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07

TCGA 

 Project

所有TCGA样本名均以这个开头

A6 

Tissue source site

组织来源编码，如A6就表示来源于Christiana Healthcare中心的结肠癌组织

6650

Participant

参与者编号

01

Sample

编号01~09为癌症组织，10~19表示正常对照

A

Vial

在一系列患者组织中的顺序，绝大多数样本该位置编码都是A; 很少数的是B，表示福尔马林固定石蜡包埋组织，已被证明用于测序分析的效果不佳，所以不建议使用-01B的样本数据

11

Portion

Portion 同属于一个患者组织的不同部分的顺序编号，同一组织会分割为100-120mg的部分，分别使用

R 

Analyte

分析的分子类型，对应RNA

1774

Plate

在一系列96孔板中的顺序，值大表示制板越晚

07

Center

测序或鉴定中心编码

对RNA数据来说，Analyte为R的优先级最好，其次是R和T，而对于DNA层面的分析来说，D的优先级最高。

如果Analyte相同，那就选择Portion和/或Plate值更大的。