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GraphPad Prism 10 Curve Fitting Guide

2024-07-02 09:07| 来源: 网络整理| 查看: 265

X值为浓度或剂量的对数时,使用该方程。X值为浓度或剂量时,使用相关方程。

引言

许多剂量反应曲线遵循熟悉的S形。这些曲线通常由四项参数定义:顶部、底部、Hill斜率和EC50(或IC50)。“顶部”和“底部”参数描述了曲线达到稳定段的值 - 无限接近,但从未完全达到这些值。Hill斜率描述了这两个稳定段之间的S形曲线的斜率。EC50(或IC50)是指将测得反应增加(或减少)至其最大值的一半或50%所需的激动剂(或拮抗剂)浓度。

但有许多方法可解读该“一半”的概念。您是否对导致曲线的最大(顶部)值与最小(底部)值之间一半的测得反应的浓度感兴趣?或者,您是否想要导致曲线的最大(顶部)值与某个已定义的“基线”控制值之间一半的测得反应的浓度?

在考虑到抑制性数据(测得反应随着拮抗剂浓度增加而降低)时,这两个值 分别称为“相对IC50” 和 “绝对IC50”。

相对IC50

这是迄今为止最常见的定义,通常是人们所说的反应的“IC50”。其是使曲线降至曲线顶部与底部稳定段之间一半的点所需的浓度。除非将数据标准化为从0运行至100,否则这 不对应Y轴上50%的值。

绝对IC50

在空白(无拮抗剂,最大测定反应)和一些阳性对照品(代表完全抑制反应)之间引起一半反应的浓度有时称为绝对IC50。在许多情况下,所使用的阳性对照品可能是一种不同的标准药物,已知这种药物会对测定反应产生最大的抑制作用。通常,该标准阳性对照品的测定反应低于剂量反应曲线的“底部”。因此,绝对IC50和相对IC50 会不一样。

在某些情况下,根本无法计算绝对IC50。例如,所测定的拮抗剂可能只能够将测定反应降至其最大(空白)值的60%,但无法进一步降低。在此情况下,不会定义绝对IC50(任何拮抗剂浓度的增加均无法将测定反应降至其最大反应的50%)。务必清楚您想要报告哪个IC50,以及您的数值含义。

在此阅读更多有关绝对IC50的信息。

循序渐进

创建一张XY数据表。将激动剂浓度的对数输入X。采用任何简便单位将反应输入Y。

在数据表中,点击“分析”,选择“非线性回归”,然后选择“方程窗格”:剂量反应-特异性,X为log(浓度)。然后选择“绝对IC50,X为log(浓度)”。

您必须在“分析参数”对话框的“限制”选项卡上输入参数“基线”值。在该模型中,注意“基线”和“底部”之间的重要区别。“底部”是曲线自身底部稳定段的Y值。“基线”是定义标准药物0%最大抑制的Y值。当您 必须 在必须限制基线的同时,您还可考虑限制“顶部”参数。

模型

五十=(顶部+基线)/2

Y=底部+(顶部-底部)/(1+10^((LogAbsoluteIC50-X)*Hill斜率+log((顶部-底部)/(五十-底部)-1)))

 

解读参数

顶部和底部均为以Y轴为单位的稳定段。

Hill斜率描述了曲线族的陡度。Hill斜率1.0是标准值,您应该考虑将斜率限制为常数值1.0。大于1.0的Hill斜率更陡,而小于1.0的Hill斜率更缓。

基线 是一种引起最大抑制反应的“标准”药物或对照品的测定反应。用户必须在“分析参数”对话框的“限制”选项卡中输入该值。

LogAbsoluteIC50 是在顶部和基线之间得出一半反应的拮抗剂对数浓度。这与顶部和底部之间的一半反应不同(这是相对logIC50,本分析对其进行报告)。Prism还报告了 AbsoluteIC50。

 

 

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