肿瘤NGS基因检测常见问答

（1）下机数据量：又称测序数据量，不同产品的下机数据量不同。

（2）包含接头序列的reads数量: 测序下机产生的fastq.gz文件中reads数目。

（3）单碱基质量: 测序产生的单个碱基质量值，计算方法为Q=-10*lgP，其中P为碱基识别出错的概率。

（4）Q30: 单碱基质量为30，表示测序碱基被识别出错的概率是0.001。

（５）重复reads百分比: 重复reads(duplicated reads)是在NGS文库构建过程中，是PCR对同一个分子进行多次镜像复制的后果。判断标准是：reads的起始和终止位置一样，起点和终点之间的碱基序列一样。重复reads百分比（duplication rate）就是镜像复制出来的reads个数与总reads数的比例。一般计算方法：duplication rate = 1 - unique reads / total reads。

（6）回帖reads百分比: mapping reads rate，是能比对到参考基因组（例如人hg19）上的reads数占总reads数的比例。

（7）目标区域reads百分比: target reads rate，是能比对到panel检测范围上的reads数占比对到参考基因组上总reads数的比例。

（8）目标区域的平均深度: 覆盖目标区域的碱基总量（bp）与目标区域大小的比值。

（9）目标区域测序均一度: 测序的reads在目标区域的测序深度均匀程度的度量，目前用的较多的是大于平均深度的20% 的碱基位点占目标区域碱基位点总数的比例，和大于平均深度的50% 的碱基位点占目标区域碱基位点总数的比例。