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细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA
已有 222 次阅读 2023-4-3 09:33 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦 细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA 必须非编码RNA(essential ncRNA)的概念来源于必须基因(essential gene),它指的是生物体生存所必不可少的ncRNA。在原核生物细菌中,必需ncRNA可 以作为药物开发的潜在靶标,以降低致病菌的耐药性。针对抗菌药物靶标发现和药物设计需求,细菌必须ncRNA数据库DBEncRNA(图1,http://yeyn.group:86/)应运而生。 图1 DBEncRNA数据库 DBEncRNA数据库包含20株细菌中的884条必需ncRNA序列及相关信息。新月柄杆菌(Caulobacter crescentus) 的必需ncRNA数目(532)占近61%,鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii ATCC 17 978)的必需ncRNA数目(60)占近7%。对细菌必须ncRNA感兴趣的,可以查看DBEncRNA数据库的数据信息,尤其是可以使用序列比对预测必需ncRNA。 表1 DBEncRNA数据库内数据信息 参考文献 [1] YE Yuannong, LIANG Dingfa, ZENG Zhu. DBEncRNA:Database of Bacterial Essential ncRNA[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2022, 51(3): 348-352. doi: 10.12178/1001-0548.2021389 以往推荐如下: 1. 分子生物标志物数据库MarkerDB 2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0 3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer 4. 人类细胞互作数据库:CITEdb 5. EMT标记物数据库:EMTome 6. EMT基因数据库:dbEMT 7. EMT基因调控数据库:EMTRegulome 8. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0 9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库:RM2Target 10. 非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2Immune 11. 值得关注的宝藏数据库:CNCB-NGDC 12. 免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg 13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台:ITCM 14. AgeAnno:人类衰老单细胞注释知识库 |
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