Pymol渲染（Ray）笔记

2023-11-10 21:35| 来源: 网络整理| 查看: 265

Ray

ray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有许多功能可以挖掘，这里简单介绍一小部分。

使用 ray [width,height [,renderer [,angle [,shift ]]]

angle和shift将会生成立体的配对 width和height为设置ray的长宽，可以超出现在的框架

例子

默认图像

3fbi-1.png

简单渲染

#全部使用默认设置 ray 3fbi-2.png PyMol API cmd.ray(int width,int height,int renderer=-1,float shift=0) 设置渲染模式

设置Ray_trace_mode设置可以修改最终成图的时候的PyMOL的内部渲染蛋白的模式. 下面可以查看不同模式的效果

# 普通颜色 set ray_trace_mode, 0 # 普通颜色+黑色线 set ray_trace_mode, 1 # 仅包含黑色线 set ray_trace_mode, 2 # 倍色+黑色线 set ray_trace_mode, 3 # 建议设置 set antialias, 2 # 更改线的颜色 set ray_trace_color, magenta

效果如下

ray_trace_mode, 1

3fbi-3.png

ray_trace_mode, 2

3fbi-4.png

ray_trace_mode, 3

3fbi-5.png

ray_trace_color, magenta

3fbi-6.png 透视

在0.98版本以后，渲染速度得到了提升，选择的开关如下:

set orthoscopic, off set orthoscopic, on

放大近景如下:

set field_of_view, X

当50

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