使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍

2024-07-11 07:17| 来源: 网络整理| 查看: 265

pheatmap参数：

网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。

mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证数据是numeric类型） color 热图的颜色选择默认：colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ="RdYlBu")))(100) break 用来定义数值和颜色的对应关系。可以将特定颜色和特定数值关联，如果NA则自动进行计算。如果颜色超过值的范围，超过阈值的会使用和阈值一样的颜色。默认：NA border_color 热图的单位元素的描边颜色，NA表示不描边默认：“gray60” cellwidth 热图单位元素（cell）的宽度，NA表示依据窗口自动调整默认：NA cellheight同 scale 数值标准（scale）化，可以是“row“,”column“,”none“ 默认：“none” cluster_rows 用布尔值来判定行元素是不是应该被clustered or clust object。默认：TRUE 同理，cluster_cols决定是否应该把列clust clustering_distance_rows 计算类间距的方式，默认：“euclidean”（欧式距离） clustering_distance_cols同理 clustering_method cluster的途径方法（method）默认：“complete” clustering_callback 默认：identity2 cutree_rows 如果使用了对行的集群，则可以指定集群个数（基于hclust），如果未使用对行集群则忽略默认：NA cutree_col同理 treeheight_row 行集群树的高度默认：(50point) legend 图例是否显示默认：TRUE legend_breaks 图例是否断点标注默认：NA legend_labels 图例的标题默认：NA annotation_row 是否对行进行分类注释默认：NA annotation_col同理 annotation deprecated parameter that currently sets the annotation_col if it is missing 默认：NA annotation_colors 指定注释条的颜色。默认：NA annotation_legend 布尔值表示是否显示注释条的图例默认：TRUE annotation_names_row 布尔值表示是否在图例上显示注释名称默认：TRUE annotation_names_col同理 drop_levels 是否在图例显示unused levels 默认：TRUE shown_rownames 是否显示行名默认：T shown_colnames 是否显示列名默认：T main 图表主标题默认：NA fondsize 图表字体大小默认：10 fontsize_row 行标题的字号默认：fondsize fontsize_col同上 angle_col 列标签的角度，可以选择0，45，270，315 display_numbers 是否在单位元素（cell）内显示数字默认：F number_format 显示在cell内的数字格式，例如%.2代表两位小数%.1e表示指数形式...参见C语言printf函数格式默认：%.2f fontsize_number 限制在Cell内的数字大小默认：0.8*fontsize gaps_row 当行未进行集群分析时，指示再哪里查处gap空隙默认：NULL gaps_col同理 labels_row 使用行标签代替行名默认：NULL labels_col同理 filename 保存的路径和文件名。支持png、pdf、tiff、bmp、jpeg NA height 输出的图片都高度，单位：inches 默认：NA width同理 silent 不要画出图像（在gtable导出适用） FALSE na_col 对NA值对应的cell填充特定颜色默认："#DDDDDD",... 例子 pheatmap(log2(FPKM +1),cluster_rows = T,cluster_cols=F,show_rownames = F,main = "Heatmap of FPKM",scale="row")

解读：

数据：FPKM数值矩阵的log2转换后的矩阵 cluster_rows=T:对行进行集群分析 cluster_cols=F:不对列进行集群分析 main = "Heatmap of FPKM"：主标题

scale="row"：对行进行标准化图片展示：

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