ubuntu下lammps的安装

2023-05-06 14:39| 来源: 网络整理| 查看: 265

---------ubuntu下lammps的安装---------- 1、前提条件 2、安装lammps

2-1 安装fftw 2-2 安装mpich 2-3 安装lammps

3、配置环境

---------ubuntu下lammps的安装---------- 1、前提条件

笔者所用操作系统为Ubuntu18.04，Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，（重复安装无影响）。

sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++ sudo apt-get install gfortran sudo apt-get install make

注意：如果ubuntu的apt-get无法正常使用请 sudo apt-get update

准备安装包 fftw-3.3.8.tar.gz http://www.fftw.org/download.html lammps-stable.tar.gz (解压后为lammps-22Aug18) https://lammps.sandia.gov/download.html mpich-3.2.1.tar.gz http://www.mpich.org/downloads/

准备工作：在 /home/xukang/ 文件夹下建立文件夹/lammps，将相应安装包分别解压这个文件夹中. 创建fftw3和mpich3文件夹用来安装

接下来就是安装fftw和mpich。

2、安装lammps 2-1 安装fftw

输入指令：

$ cd ~/lammps/fftw-3.3.8 $ sudo ./configure --prefix=/home/xukang/lammps/fftw --enbale-shared=yes $ sudo make $ make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，

FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include FFT_PATH = -L/usr/local/lib FFT_LIB = -lfftw3 2-2 安装mpich

输入指令：

1. cd /home/xukang/lammps/mpich-3.2.1 2. sudo ./configure --prefix=/home/xukang/lammps/mpich 3. sudo make 4. sudo make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.g++_mpich_link文件，通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include MPI_PATH = -L/usr/local/lib MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread 2-3 安装lammps

1、串行的安装

$ cd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/STUBS， $ sudo make $ cd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE

该文件夹包括Makefile.mpi、Makefile.serial两个编译文件。 Makefile.serial用来串行，Makefile.mpi用来并行

打开Makefile.serial文件，配置fftw的路径即可在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，

FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include FFT_PATH = -L/usr/local/lib FFT_LIB = -lfftw3

但这里要将/usr/local/ 改成你的fftw所在路径

2、并行的安装

打开Makefile.mpi文件，配置mpich和fftw的路径首先将下面部分注释掉。

LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

（由于lammps运行过程中不需要图片支持，因而将关于图片这几行斜线部分删除）

还要需要修改mpich和fftw的路径文件， fftw与串行一样 mpich与串行类似在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.g++_mpich_link文件，通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include MPI_PATH = -L/usr/local/lib MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread

但这里要将/usr/local/改成你的mpich所在路径修改完成后保存就行。

3、接下来编译 LAMMPS 的库文件,我这里根据我自己的需求,选择编译了部分库文件 lib目录下输入指令：

$ cd meam $ sudo make -f Makefile.gfortran $ cd poems $ sudo make -f Makefile.g++ $ cd reax $ sudo make -f Makefile.gfortran

LAMMPS 是通过各个模块来实现分子动力学模拟里面不同的功能的,但每一个具体的任务并不是需要用到 LAMMPS 所有的功能,我们可以选择安装一些常用的模块,等遇到特别的需求时再来安装额外的模块。每一个模块实现的具体功能,也通过查阅 LAMMPS 使用手册来获知。在 src 目录下运行 make yes-all 这个命令告诉电脑,我要准备安装所有的模块了,然后再用排除法,告诉电脑,哪些模块是不要安装的,比如我一般用不到 user-atc 模块,那么就 make no-user-atc。我也一般用不到 kim,kokkos,voronoi, user-qmmm, gpu, user-cuda, 当然, 我用不到不代表你们用不到,要根据实际情况来判断。

src目录下

$ cd lammps/lammps-22Aug18/src/ $ make package-status $ make yes-meam $ make yes-poems $ make yes-reax

4、接着make生成lmp_mpi和lmp_serial的文件

$ sudo make mpi $ sudo make serial

成功的话会生成lmp_mpi和lmp_serial的文件。

5、测试一下到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夹中

串行 $/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_serial

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