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已有 22059 次阅读 2010-4-8 13:55 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 聚类分析, 群落, R软件, 物种关联

群落按照物种相似形组成进行聚类分析，可以用树状图较好的表现物种的组成关系。受到很多植被学家的重视。这里以R软件实现聚类分析为例。

如果按照物种组成的相似性做聚类分析，那么可以用Jaccard指数（经过转换的）。Jaccard指数只考虑物种在两个样方间是否重复出现，盖度在分析的过程中并不起什么作用。但是如果对乔木和灌木进行分析，就可以考虑个体的数量，计算样方物种组成的相似性的时候用Bray-Curtis指数。Jaccard指数和Bray-Curtis指数在众多生态学相关的程序包中都是可以计算的。下面说一下在R软件中，结合vegan程序包，对草本样方的物种组成进行聚类分析。

下面是在R中的具体操作过程：

#第一步

#是矩阵的整理，建议先整理一下各样地的名录，成如下格式，再用R整理成物种矩阵。

plotname species

plot1 sp1

plot1 sp2

plot1 sp3

plot1 sp4

plot1 sp5

plot2 sp1

plot2 sp3

plot3 sp4

plot3 sp2

plot3 sp6

plot3 sp7

.....

#在Excel中，另存为csv格式，如存名称为 herbplots.csv。

#第二步 读取文件

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