R语言ggplot2绘图详细方法教程(含代码和案例) – sci666

最近在学ggplot2，小有心得，愣是没忍住想跟大家分享下。

要学习ggplot2，咱的思维得要大变，因为ggplot2无论是数据的输入格式还是作图的命令风格跟常规的R作图函数都有较大差别。

1、首先ggplot2的输入格式就跟咱们常见的数据有点不一样

假设我们要做个柱状图，常规R用的barplot输入格式是这个样子的一个二维矩阵，如我们要查看E1样品中Akkermansia这个菌的丰度，需要在第一行找到E1，然后在第一列找到Akkermansia，两者的交点即是我们所要找的丰度。

但是在ggplot2中，这个格式要变成这个样子

聪明的你肯定能看出来是发生了什么变化（怎么变成这样子的，其实就只需一条命令）。

同样我们要查看E1样品中Akkermansia这个菌的丰度，直接按行搜索即可（黄底）。你可以理解为，前面两列（Species 和Sample）分别是两个“坐标”，最后一列（Abundance）是其对应的值。

2 、其次是命令风格也不同，话不多说，直接看命令。

首先从百度云盘下载我们提供的示例数据（下载地址见文末），将它放到你的R的当前工作目录，可通过在命令行输入getwd()查看你的工作目录，也可以通过下面的命令修改工作目录。

setwd(“E:/R-work/ggplot2”)  ###修改R的工作目录，因为Spe_matrix.txt文件在此目录下

spe