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【R语言】R绘图散点图添加文本注释H5W32021-04-09 13:11:18 这里以火山图为例进行说明,在转录组分析中,火山图是很常见的一类图,纵轴表示p_value,横轴表示log (fold change)。单一的散点图绘制很简单,火山图比较难处理的地方就是一些基因的注释,基因越多,加文本注释越困难,因为文字会堆在一起,看不清。 示例数据df1是转录组做差异表达后的部分结果,df2将logFC绝对值大于0.3的挑出来了。 > head(df1)p_val avg_logFC class gene cd avg_logFC_new2 p_val_new 1 1.628043e-43 0.4804759 P2L PI3 P2L_0.3 -0.4804759 42.78833 2 1.131599e-88 0.4565683 P2L ZG16 P2L_0.3 -0.4565683 87.94631 3 7.342746e-58 0.4192149 P2L XIST P2L_0.3 -0.4192149 57.13414 4 1.728085e-28 0.4113532 P2L FN1 P2L_0.3 -0.4113532 27.76243 5 1.288611e-33 0.4100842 P2L PIGR P2L_0.3 -0.4100842 32.88988 6 6.647279e-14 0.4035325 P2L HSPA1A P2L_0.3 -0.4035325 13.17736 df2=df1%>%filter(abs(avg_logFC_new2) > 0.3) 先看一下,没加文本的图 p |
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