如何获得环境因子影响的显著性？

2020 Bioresource Technology IF=6.669

研究背景：

沼气池的污泥与猪粪协同发酵与微生物活性关联探究。

实验设计：

有无猪粪便添加的污泥发酵物，按时间点采样，共58份样本进行16S V4区测序分析。

环境因子关联分析

如图1，开展常规的物种与环境因子关联分析，并基于Bray-curtis距离的PCoA分布，进行了Envfit检验，如图2，使用文字进行了对应描述，揭示了NH4等环境因子与群落结构关联的显著性[1] 。

图1 环境因子关联分析

图2 Envfit分析结果

搭档2：ANOVA like permutation test

工具：R语言Vegan包Anvoa.cca函数

分析原理：

基于CCA、RDA等环境因子与物种的关联分析结果，应用permutation test（置换检验），将数据打乱，计算pseudo-F统计量，pseudo-F值越接近于1，越不显著，pseudo-F值远大于1，则显著程度越高。

案例应用：

2020 Environmental Pollution IF=6.792

环境因子关联分析

如图3，使用RDA分析环境因子对物种结构的影响，基于ANOVA like permutation test获得每个环境因子显著性P值（红框的数据）[2] 。

图3 RDA的ANOVA like permutation test

以上两种检验的分析结果，基迪奥Omicsmart在线报告都有提供哦（图4、5）。

图4 Omicsmart CCA散点图

图5 Omicsmart CCA/RDA显著性判断结果

文末惊喜

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参考文献

1. Lavergne, C., Bovio-Winkler, P., Etchebehere, C., Garcia-Gen, S., Towards centralized

biogas plants: co-digestion of sewage sludge and pig manure maintains process performance and active microbiome diversity, Bioresource Technology (2019)

2. Meng X, Chen J, Li Z, et al. Degraded functional structure of macroinvertebrates caused by commercial sand dredging practices in a flood plain lake. Environ Pollut. 2020;263(Pt B):114415. doi:10.1016/j.envpol.2020.114415返回搜狐，查看更多